Для работы будем использовать файлы:
дополнительной топологии для липида DPPC, dppc.itp .
параметры для липидов lipid.itp .
координаты одного липида dppc.gro .
файл-заготовка тополгии системы b.top .
файл праметров для минимизации энергии em.mdp .
файл праметров для "утряски" воды pr.mdp .
файл праметров для молекулярной динамики md.mdp .
На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами:
genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4
С помощью editconf преобразуем dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы:
editconf -f dppc.gro -o dppc.pdb
editconf -f b_64.gro -o b_64.pdb
В файде b.top установим правильное число липидов в системе (64).
Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды:
editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5
Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты молекул:
grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2
mdrun -deffnm b_em -v
Начальное значение мксимальной силы - 4.37970e+05, после оптимизации - 6.4541919e+02.
Добавим в ячейку молекулы воды типа spc:
genbox -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s
Проведем "утряску" воды:
grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm b_pr -v
Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат ( b_pr.pdb и b_s.pdb ). И визуально сравним имзенения в системах.
| до утряски (b_s) | после утряски (b_pr) |
|
|
|
До утряски молекулы воды и липидов лежали в ячейке упорядоченно, после утряски - более хаотично.
Скопируем файлы на суперкомпьютер.
ssh skif mkdir Tokarchuk cd Tokarchuk scp -r md/* skif:Tokarchuk/
Запустми тестовое моделирование.
ssh skif cd Tokarchuk grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1 mpirun -np 16 -q test -maxtime 5 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v
Запустим основное моделирование.
mpirun -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v