назад

Цель работы построить модель комплекса лизоцима человека с лигандом на основании структуры 1LMP.pdb лизоцима форели с лигандом.

1. Построим выравнивание последовательностей белка рыбы ( 1lmp.fasta взята с сайта pdbsum) и человека ( P61626.fasta взята из uniprot) с помощью Clastal . Полученное выравнивание сохраним в формате pir ( aln.pir ).

2. Модифицируем файл выравнивания: последовательность лизоцима человека назовем ">P1;seq", последовательность лизоцима форели - ">P1;1lmp", после имени последовательности моделируемого белка добавим строчку "sequence:ХХХХХ::::::: 0.00: 0.00", после имени последовательности белка-образца - "structureX:1lmp_now.ent:1 :A: 132 :A:undefined:undefined:-1.00:-1.00", в конце каждой последовательности добавим символы "/.". После каждой послежовательности оставим также строчку с "*".

3. Модификация файла со структурой: удалим всю воду из структуры (в текстовом редакторе) всем атомам лиганда присвойте один и тот же номер "остатка" (MODELLER считает, что один лиганд = один остаток) и модифицируйте имена атомов каждого остатка, добавив в конец буквы A, B, C.

Сохраним файл в 1lmp_now.ent .

4,5. Используем управляющий скрипт lysc_human.py .

6. В результате получено 5 моделей: model1.pdb , model2.pdb , model3.pdb , model4.pdb , model5.pdb .

Изображение наложенных структур моделей:

Неструктурированный N-конец полученных моделей соответствует гэпам в выравнивании с белком-образцом. Все модели очень похожи.

7. Для проверки качества моделей воспользуемся WHATIF :

• с помощью метода "Anomalous bond lengths" проверим правильность длин связей: ни для одной модели не найдено ошибок; для 1-ой z-score=0.951; для 2-ой z-score=0.948; для 3-ей z-score=0.955; для 4-ой z-score=0.948; для 5-ой z-score=0.947. С точки зрения z-score - 5-ая модель лучшая, но значения для остальных не сильно отличаются.
• с помощью метода "Anomalous bond angles" проверим правильность валентных углов: для 1-ой z-score=1.318, 29 углов отклоняются от нормальных значений больше чем на 4 сигмы; для 2-ой z-score=1.274, 26 неправильных углов; для 3-ей z-score=1.275, 26 неправильных углов; для 4-ой z-score=1.291, 29 неправильных углов; для 5-ой z-score=1.209, 18 неправильных углов. 5-ая модель лучшая.
• с помощью метода "Planarity" проверим являются ли плоские структуры достаточно плоскими: ни для одной из моделей ошибок не найден.

Судя по результатам Anomalous bond lengths и Anomalous bond angles 5-ая модель лучшая.