Поиск сигналов в нуклеотидных послдовательностях:
В нуклеотдиных последовательностях , находящихся перед генами, регулируемыми белком PurR (пуриновым репрессором), найдем сигналы, предположительно узнаваемые белком PurR.
Используя сервер MEME (с параметрами: распределение количества встреч каждого мотива: "Zero or one per sequence", максимальная и минимальная длина мотива: по 16 (ищем мотивы строго заданной длины), число различных мотивов: 1)
В результате получем информацию о найденных сайтах взаимодействия с белком в последовательностях:
Диаграмма LOGO - отражает частоту встречаемости нуклеотидов внутри сайта (построена на основании сайтов, найденных в заданных последовательностях):
| Позиция мотива | A | C | G | T | нуклеотиды, дающие положительный вклад |
| 1 | 165 | -1010 | -40 | -1010 | A |
| 2 | -51 | 92 | -40 | -51 | C |
| 3 | -1010 | -140 | 192 | -1010 | G |
| 4 | -1010 | 192 | -140 | -1010 | C |
| 5 | 194 | -1010 | -1010 | -1010 | A |
| 6 | 194 | -1010 | -1010 | -1010 | A |
| 7 | 107 | -140 | -1010 | 49 | W (A или T) |
| 8 | -1010 | 206 | -1010 | -1010 | C |
| 9 | -1010 | -1010 | 206 | -1010 | G |
| 10 | -151 | -1010 | -40 | 148 | T |
| 11 | -1010 | -1010 | -1010 | 194 | T |
| 12 | -1010 | -1010 | -1010 | 194 | T |
| 13 | -51 | -1010 | -140 | 148 | T |
| 14 | -151 | 192 | -1010 | -1010 | C |
| 15 | -151 | 92 | 60 | -151 | S (C млм G) |
| 16 | -51 | -40 | -1010 | 129 | A |
| Имя последовательности | цепь, на котороый найден мотив | координата первого нуклеотида | P-value |
| purL | + | 308 | 5.26e-09 |
| cvpA | + | 328 | 8.00e-09 |
| purE | + | 313 | 8.00e-09 |
| codB | - | 317 | 8.00e-09 |
| purR | + | 339 | 1.44e-08 |
| purA | - | 278 | 7.49e-08 |
| pyrC | - | 333 | 8.13e-08 |
| purM | - | 320 | 1.73e-07 |
| folD | - | 421 | 3.61e-07 |
| guaB | + | 331 | 3.80e-07 |
| glnB | + | 317 | 5.22e-07 |
Исходные последовательности (найденные мотивы подчеркнуты):
>codB
tcctggagatctgacgaccattgatgatcctgcgtcgttggatcagatccgccaggcgatggaagagtaggttattgtcggatgcgtcgcgcggtgcatccggcactgtgtgccgatgcctga
tgcgacgctgacgcgttttatcatgcctacggacctgaaccgtaggtcggataaggcgctcgcgtcgcatccgacaccatgctcagatgcctgatgcgacgctgacgcgtcttatcaggccta
cccactgtttttacaccgataatttttcccccacctttttgcactcattcatataaaaaatatatttccccacgaaaacgattgctttttatcttcagatgaatagaatgcggcgg
attttttgggtttcaaacagcaaaaagggggaatttcgtgtcgcaagataacaactttagccaggggccagtcccgcagtcggcgcggaaaggggtattggcattgacgttcgtcatgctgggattaaccttcttttc
>purE
tgtgcgcaaacgcattgccgcgcgaatgcgcgcgaacagcaaagaagccaacagcagtaaatcgctggcgatcatggacgttaaccaaaacgcggtggtcagtgcgatggaaaaacatcaggt
gcaatggctgatccacgggcatacccatcgcccggcggtgcatgaacttatcgccaatcagcaacctgcttttcgcgtggtactgggtgcctggcatacggaaggttcaatggtgaaagtcac
ggcggatgacgttgagctgattcattttccgttttaaaaaacccgcaactttgctgatttcacagccacgcaaccgttttccttgctctctttccgtgctattctctgtgccctct
aaagccgagagttgtgcaccacaggagttttaagacgcatgtcttcccgcaataatccggcgcgtgtcgccatcgtgatggggtccaaaagcgactgggctaccatgcagttcgccgccgaaatcttcgaaatcctga
>pyrC
tcagaaagcgaccatgaaactgaagctgaaagcgctgcccgtgtttgataaagaaaaaggtgcgatcttcctgaaagagatggaagtggtcgatgcgacggtacaaccggaaaaaatgcaaac
ggtgatgcaaacgttgcttccctatttgaaccaggcattacgcaattactttaaccagcaacctgcttacgtcctgcgcgaagatggcagccagggcgaagcaatggcgaaaaaactggcgaa
aggcattgaagtgaagccaggcgaaattgtcattccatttactgattaatcacgagggcgcattcgcgccctttatttttcgtgcaaaggaaaacgtttccgcttatcctttgtgt
ccggcaaaaacatcccttcagccggagcatagagattaatgactgcaccatcccaggtattaaagatccgccgcccagacgactggcaccttcacctccgcgatggcgacatgttaaaaactgtcgtgccatatacca
>purR
tcgagaggaaatcagtgcagcgcggcagtcaaacccacggctacgatcaaaccgaggacgataatcgttgttaccagtgaaaatttaaggtcggtgctcatcaagttttctccttttttatta
ccacacaaaaagtgatattacgcatttttacacactgtgatgaaaaaatctcccgtcatttataatgataagtgtttttaccacttccccttttcgtcaagatcggccaaaattccacgctta
cactatttgcgtactggccattgaccccttcctgacgctccgtgtcgtttttccggcgtaccgcaacacttttgttgtgcgtaaggtgtgtaaaggcaaacgtttaccttgcgatt
ttgcaggagctgaagttagggtctggagtgaaatggaatggcaacaataaaagatgtagcgaaacgagcaaacgtttccactacaactgtgtcacacgtgatcaacaaaacacgtttcgtcgctgaagaaacgcgcaa
>cvpA
gccatccacgccagtgcagggtaaaattacccgtattctggttgggccggatgcctcgaaagataagctgaaaggttcgctgggtgagttgaagcaactttctggcttaagtggcgtggtaat
gggctatacgccgaattaatacggtcttgcctgatgcgacgctggcgcgtcttatcaggcctacgcaggggtagaaccgtaggtcggataaggcgtttacgccgcatccgacacgcattgccc
gatgccgcaaaggcataaaaagtcgatggcgttgaatattttttcagcgccatttttattgatgcgcgggaaggaaatccctacgcaaacgttttctttttctgttagaatgcgcc
ccgaacaggatgacagggcgtaaaatcgtgggacacatatggtctggattgattacgccataatcgcggtgattgctttttcctctctggttagcctgatccgcggctttgttcgtgaagcgttatcgctggtgacat
>purM
ggtgctgatatcttgctcacgcatcagtcccagcttgtgtttgacgagtgggtgtttgacttccacgatcttcatactctttctcctttgaggggcagccacaaaaaaaatcgacggattata
cctcctttcttcaaggcggcaatattcttttcgttgactttagtcaaaatgataacggtttgagataaagttattttatattcagatggttatgaaagaagattattccatccgaaaactaac
ctttaccctggcacaagtcttctttcgccgcgcgcctggggaaaagacgtgcaaaaaggttgtgtaaagcagtctcgcaaacgtttgctttccctgttagaattgcgccgaatttt
atttttctaccgcaagtaacgcgtggggacccaagcagtgaccgataaaacctctcttagctacaaagatgccggtgttgatattgacgcgggtaatgctctggttggaagaatcaaaggcgtagtgaagaaaacgcg
>guaB
acttgttgcccatgctgtgggcggaaggtcacccggcggttgctgttgcggaacatcgcgcagcgtacctgggcggtgtcgtctttgagtgtaaagtaccagtgaccggaagctggttgcgtg
aaattagaaatttcgccgctgatccaaacctgtcccatctcatgctcaagcagcagacgaaccgtttgattcaggcgactaacggtaaaaattgcaggggattgagaaggtaacatgtgagcg
agatcaaattctaaatcagcaggttattcagtcgatagtaacccgcccttcggggatagcaagcattttttgcaaaaaggggtagatgcaatcggttacgctctgtataatgccgc
ggcaatatttattaaccactctggtcgagatattgcccatgctacgtatcgctaaagaagctctgacgtttgacgacgttctcctcgttcctgctcactctaccgttctgccgaatactgctgacctcagcacccagc
>glnB
tgtccgcgcgttctctaccgatgcgatgaaacgcctgatgaccgcgagctggccgggtaatgtgcgccagttggtcaacgtgattgaacagtgcgtggcgctgacctcatctccggtgattag
tgatgcgctggtggagcaggcgctggagggtgaaaatacggcgctgccaacctttgttgaggcacgtaatcagtttgaactcaactatttgcgtaagctgctgcaaatcaccaaaggcaacgt
cacccacgcggcgagaatggcggggcgcaaccggacagaattttataaactgctttcccgacacgagctggatgcaaacgatttcaaggaatgaattggcgttatgtgttacgttt
agcagatcaaaagacaggcgaccttttcaaggaatagcatgaaaaagattgatgcgattataaaacccttcaagctggacgatgtccgcgaagcactggccgaagtcggtattaccggcatgacggtgaccgaagtga
>purL
ctcacacgcaactctccccgcgcttgaatggcggcgatacggttgtcggctttaccaaaccagggaatggatggccagagagcgaccgcgagcagcagtgccagaatgccgatgaacagataa
ttaatctttaattttttcaattagttaattctctgtgtcgtgcgcgtcccagcttgaaaaaacgtaataatagtgaaaggtttactcataaatgagcggcattttgcgtaaacctgcgccaga
tggcaacttattacagccattggcggcacgcgttgctaattcacgatggtgattttatttccacgcaaacggtttcgtcagcgcatcagattctttataatgacgcccgtttcccc
cccttgggtacaccgaaagcttagaagacgagagacttatgatggaaattctgcgtggttcgcctgcactgtcggcattccgaatcaacaaactgctggcacgttttcaggctgccaggctcccggttcacaatattt
>purA
cttccgcaacgcgttaatataacgactgcggtacaggtcaataaagccaccgcatcctcagggatgtcggtggttttctttttctataaggataatgaatgaattcgacaatctggctggcgc
ttgccctggttttggtactggaaggtttagggccgatgctttacccgaaggcatggaagaagatgatctctgcgatgaccaatttgcccgataatattttacgtcgttttggcggtggacttg
tggttgcgggcgttgtggtctactacatgttgaggaaaacgattggctgaacaaaaaacagactgatcgaggtcatttttgagtgcaaaaagtgctgtaactctgaaaaagcgatg
gtagaatccatttttaagcaaacggtgattttgaaaaatgggtaacaacgtcgtcgtactgggcacccaatggggtgacgaaggtaaaggtaagatcgtcgatcttctgactgaacgggctaaatatgttgtacgcta
>folD
tagtagtaaattcctttttatcctctaagaatgtcttaattgaaaatatgcactctattctaaaaaatagagagccccgttagatgaatacttccgcgcaaaatatattcaacacaaatatag
acctgaagcggtaaattaccaggctgaaaattctttttatattgtcaggtatttcttaaattatcttaatccttagacaaggaaataaatcagttccagatttacaacgccatcatggacgaa
aaatgaagctttcagtctcagcgacggtgcgcctcaccttcgcaagaggtcgcttcacgcgataaatctgaaacgaaacctgacagcgcgccccgcttctgacaaaataggcgcatccccttc
gatctacgtaacagatggaatcctctctctgatggcagcaaagattattgacggtaaaacgattgcgcagcaggtgcgctctgaagttgctcaaaaagttcaggcgcgtattgcagccggactgcgggcac
Сравнение полученных результатов с реальными сайтами узнавания PurR :
Считаем сайт предсказанным верно, если он пересекается с реальным по 8 или более нуклеотидам
Сайты найдены правильно во всех последовательностях, кроме purL и folD, в остальных последовательностях найденные сайты сдвинуты на 1 нуклеотид влево.
Таким образом правильно найдено 9 сайтов из 11 предложенных. Число реальных сайтов = 10.
Чувствительность MEME = 9/10 = 0,9. Спецефичность = 9/11 = 0,81.