Найдем в фрагменте генома бактерии Regiella insecticola участки, гед закодированы белки, похожие на белки родственной бактрии - кишечной палочки.
Фрагмент генома бактреии возьмем из записи EMBL AC200764 , рассмотрим фрагмент с 63001 по 70000 нуклеотида (файл получен с помощью команды seqret "ac200764.entret:AC200764[63001:70000]" frag.fasta), извлечем из фрагмента трансляции всех открытых рамок считывания (с старт- по стоп-кодон) длиной не менее 240 нуклеотидов, использую стандартный бактериальный код - файлс с рамками , нашлось 16 рамок, получен командой:
getorf -minsize 240 -table 11 -find 1
Finds and extracts open reading frames (ORFs)
Input nucleotide sequence(s): frag.fasta
protein output sequence(s) [ac200764.orf]: frag_prot.fasta
Поиск будем вести по протеому кишечной палочки. Используем программу BLASTP , поскольку в качестве запроса также выступают белки - набор трансляции открытых рамок считывания.
Результат поиска:
| идентификатор рамки | AC200764_2 | AC200764_3 | AC200764_7 | AC200764_8 |
| начало во фрагменте | 552 | 2575 | 5673 | 6287 |
| конец во фрагменте | 2600 | 3912 | 6326 | 6592 |
| направление | прямое | прямое | прямое | прямое |
| число сходных последовательностей в E. coli K12 (E-value<0,001) | 3 | 4 | 1 | 1 |
| идентификатор самого близкого белка | FLHA_ECOLI ( P76298 ) | FLII_ECOLI ( P52612 ) | FLIP_ECOLI ( P0AC05 ) | FLIQ_ECOLI ( P0AC07 ) |
| e-value | 2E-52 | 8E-89 | 5E-35 | 0,00009 |
Для остальных рамок считывания (1-ой, 4, 5, 6, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16) - не нашлось близких белков в протеоме кишечной палочки
Гипотетические гены во фрагменте 63001-70000 записи AC200764:
3'----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------5'
5'----[=> flha, 552-2600][=> flil, 2575-3912]-------------[=> flip, 5673-6326][=> fliq, 6287-6592]------------------------3'
Расположение генов гомологичных белков в геноме кишечной палочки:
Информацию о генах гомологичных белков возьмем из записи EMBL AP009048
3'--[<= flha,1964686-1966764]--------------------------------------------------------------------------------------------5'
5'-------------------------------[=> flil, 2018691-2020064]----[=> flip, 2024006-2024743]-[=> fliq, 2024753-2025022]-----3'
Найденные белки кишечной палочки E.coli участвуют в формировании флагеллярного аппарата (P76298), в транспорте протонов через мембрану для работы флагеллы (P52612, P0AC05), в биосинтезе флагелл (P0AC07).
Гены 2-ой, 3-ей и 7-ой,8-ой рамок перекрываются, все они располагаются на прямой цепочке ДНК, соответсвующие гены E.coli не перекрываются, хотя распологаются попарно близко, ген phla расположен на комплементарной цепочке ДНК (в геноме E.coli порядок генов относительно друг друга консервативный).