Нуклеотидные базы данных
1. Сборка генома Aplysia californica
| Assembly name | AplCal3.0 |
| AC (RefSeq) | GCF_000002075.1 |
| Assembly level | Scaffold |
| Total sequence length | 927,310,431 |
| Number of scaffolds | 4,332 |
| Scaffold N50 | 917,541 |
| Scaffold L50 | 291 |
| Number of contigs | 164,545 |
| Contig N50 | 9,586 |
| Contig L50 | 16,681 |
| Ссылка на публикацию с описанием проекта в PubMed | 16230032 |
| Ссылка на последовательность контига contig000001 | AASC03000001.1 |
Aplysia californica (Аплизия калифорнийская) – морской брюхоногий моллюск из подкласса Разножаберные, обитающий у побережья Калифорнийского полуострова (Рис. 1). Является одним из крупнейших в классе (до 75 см в длину). Питается в основном красными водорослями, при этом поглощет их токсины и, таким образом, обретает защиту от большинства хищников. От оставшихся укрывается с помощью чернильного облака. A. californica интересна как модельный организм для нейробиологических исследований, так как обладает весьма простой нервной системой: в ней всего 20000 нейронов, причём хорошо заметных (с телами до 1 мм). На примере аплизии были изучены механизмы формирования долгосрочной и краткосрочной пямяти, за что в 2000 году Эрику Канделу была вручена Нобелевская премия по физиологии и медицине.
Для A. californica была найдена только одна сборка генома: AplCal3.0 (Табл. 1).
2. Поиск и описание вирусного генома
Список полных геномов вирусов семейства Microviridae длины от 5 до 6 Kb были получены следующим запросом: Microviridae[PORGN] AND 5000:6000[Sequence Length] AND complete genome. Всего было получено 1,340 последовательностей в GenBank и 15 в RefSeq. Был выбран геном фага Escherichia phage phiX174. fasta-файл с его CDS был получен путём последовательного исполнения на странице генома "Send to", "Coding Sequences", "FASTA Nucleotide", потом расширение созданного файла было изменено на fasta.
| AC нуклеотидной записи | J02482 |
| Латинское название вида | Escherichia phage phiX174 |
| TaxID вида | 2886930 |
| Тип генома | Кольцевой ss-DNA |
| Хозяин вируса | Escherichia coli |
| Ссылка fasta-файл с CDS | phiX174_cds.fasta |
3. Описание ключей таблицы локальных особенностей
1) primer_bind – сайт посадки праймера для инициации репликации, транскрипции, обратной транскрипции или для ПЦР. AC записи с примером: U52924.
primer_bind complement(1063..1084)
/note="sequence derived from PCR primer"
2) variation – участок, в котором в гомологичных последовательностях наблюдается отличие. AC записи с примером: MW248462.
variation 1494
/gene="RHD"
/replace="g"
3) V_region – вариабильные домены антител, рецепторов Т-лимфоцитов, вариабельные N-концевые домены разных белков. AC записи с примером: EU599354.
V_region 1..295
/note="IGLV2-14*01; VL2 family"
4) STS – уникальная последовательность в геноме, которую можно использовать в качестве ориентира при картировании какой-либо последовательности на геном. AC записи с примером: NM_021050.
STS 6077..6218
/gene="Cftr"
/gene_synonym="Abcc7; AW495489"
/standard_name="Cftr"
5) propeptide – последовательность, кодирующая пропептид, который после трансляции разрезается на зрелые белки. AC записи с примером: LR995269.
propeptide 1..138
/note="partial"