В качестве объекта исследования была выбрана бактерия Neisseria gonorrhoeae. Были отобраны рестриктазы II типа с известными сайтами рестрикции (Табл. 1). Из таблицы со всеми недопредставленными сайтами рестрикции систем Р-М типа II получен список подходящих сайтов (не короче 4 bp). Они были поданы на вход программе CBcalc. В результате были получены данные о представленности этих сайтов в геноме N. gonorrhoeae. Среди них были отобраны недопредставленные (с O/E < 0.8) и найдены экспериментально предсказанные рестриктазы, специфично режущие по этим сайтам. Поиск рестриктаз осуществлялся python-скриптом, всё остальное сделано в Excel.

В качестве AC был выбран C4Z088, он принадлежит определяющему локализацию септы белку MinC (дословный перевод) грам-положительной бактерии Lachnospira eligens. Ингибирует цитокинез путём дестабилизации филаментов белка FtsZ, формирующих Z-кольцо, на месте которого впоследствии образуется септа между новообразованными клетками.

Число находок выше порога стабилизировалось после второго запуска PSI-BLAST. Это означает, что белки исследуемого семейства обладают высоким сходством друг с другом и малым сходством с другими семействами.