Описание цианат-гидратазы из генома бактерии Serratia proteamaculans
Описание цианат-гидратазы
В рамках этого практикума был оформлен отчет о белке в формате html страницы.
| Идентификатор белка | ABV40637.1 |
|---|---|
| Идентификатор генома | CP000826.1 |
| Название белка | Цианат-гидратаза |
| Координаты гена в геноме | 1670696..1671166 |
| Длина гена (п.н.) | 471 |
| Цепь | Обратная |
| Длина белка (а.о.) | 156 |
Последовательность была скачана с сайта NCBI.
Скачать последовательность
Цианат-гидратаза это белок, регулирующий метаболизм анионов циановой кислоты. Он катализирует разложение цианата до углекислого газа и аммиака. Реакция проходит в две стадии: образуется карбамат ион, затем он распадается. Активный фермент представляет собой пентамер, и он образуется только тогда, когда в среде присутствуют цианаты. Исследования [1] показывают, что экспрессия цианат-гидратазы ассоциирована с повышением концентрации цианатов. Цианаты ядовиты для растений и бактерий. Вещества могут связываться с клеточными ферментами и ингибировать их активность . И тем не менее их концентрация в почве и других средах может быть очень велика. Поэтому так важно, чтобы бактерия имела возможность понизить эту концентрацию. Serratia proteamaculans это грам-отрицательная факультативно анаэробная бактерия. Она относится к Enterobacteriaceae. Как и другие представители клады она может обитать в двух средах в окружающей среде или в пищеварительном тракте различных животных (паукообразных). Бактерия может быть интересна, так как её часто находят в испорченных образцах человеческих продуктов [2]. Она выделяет специфические протеазы, которые ответственны за разложение пищи.
Геномное окружение белка
На рисунке 1 приведено геномное окружение гена цианат-лиазы Serratia proteamaculans. По идентификатору белка в геноме бактерии из базы данных ncbi был найден соответствующий ген. На рисунке также видны варианты рамок считывания транскриптов на этом фрагменте ДНК.
Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI.
На рисунке видно расположение гена, рассматриваемого белка, в геноме. Красные блоки означают гены, а стрелки направление их транскрипции. Таким образом мы видим его ближайшее окружение это гены Spro_1532,Spro_1534 белка с неизвестной функцией и карбонат-дегидратазой. Также из схемы можно понять, какая ему соответствует рамка считывания. Зелеными черточками отмечены старт кодоны, красными стоп кодоны. Нашему гену соответствует транскрипт с -1 рамкой считывания.
"Наступают затруднения — да, затруднения. Как часто мы слышим: «это просто». Ничто не просто. Мы живем в мире, в котором нет ничего простого. Каждый день, как только мы начинаем думать, что справляемся с тем, что есть, внезапно возникает новый элемент и все вновь усложняется."
Твин Пикс
©Бакулин Артемий, 2018