Геномные браузеры
UCSC
Я выбрал белок NOTCH1, так как меня с ним связывает долгая история. Приведу свой восторженный отзыв о нем со страницы прошлого года: Notch – едва ли не самый важный белок в истории человечества! – В истории трехслойных, попросил бы я. Он является важнейших компонентом системы Notch сигналинга. Представьте себе комочек клеток, не знающий, где у него верх, а где низ – это животное без Notch. Всё это потому что он играет существенное значение в формировании вертикальной оси, лево-правой асимметрии. Формирование сомитов – тоже его задача, как и дифференциация клеток кожи, глиогенезе, развитии сердца, сосудов, систем эндокринных желез, костей, кишечника.
| Имя гена | NOTCH1 |
| Идентификатор гена в Gencode | ENSG00000148400.12 |
| Цепь | - |
| Хромосома | 9 |
| Плечо хромосомы | chr9:q34.3 |
| Количество альтернативных транскриптов | 1 |
| Идентификатор транскрипта | ENST00000651671.1 |
Описание транскрипта
| Идентификатор транскрипта | ENST00000651671.1 |
| Позиция в хромосоме | 136,494,433-136,546,048 |
| Число экзонов | 34 |
| Длина белка | 2 555 |
Ensembl
С помощью distmat определили процент замен.
Процент замен: 1.31
Скачать файл с результатом работы программы
В статье[Vol 437|1 September 2005|doi:10.1038/nature04072] сказано "We calculate the genome-wide nucleotide diver gence between human and chimpanzee to be 1.23% ... standard deviation of 0.25%" – то есть процент замен отличается от среднего на 0.8%, то есть больше чем на три стандартных отклонения. Вероятность такого случайного события почти равна нулю, возможно за этим есть какой-то биологический эффект.
©Бакулин Артемий, 2018