Сборка геномов

Подготовка файлов

java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 SRR4240357.fastq SRRtrimmed.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:7:7	Отрезание адаптеров
java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 SRR4240357.trimmed.fastq SRR4240357.trimmed2.fastq TRAILING:20 MINLEN:30	Отрезание некачественных ридов

При первом запуске trimmomatic число ридов сократилось с 8098979 до 7937705, а размер файлов с 863M до 846M. При втором с 7937705 до 7248100, и с 846M до 748M.

https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/fd/Color_icon_red.svg/220px-Color_icon_red.svg.png — **Рисунок 1. Качество прочтений до использования trimmomatic**

Сборка

velveth assembly_SRR4240357 29 -fastq -short SRR4240357.trimmed2.fastq	Сборка k-меров
velvetg assembly_SRR4240357/	Сборка контигов

Характеристика сборки:

nodes	925
n50	34094
max	56526
total	663956

Blast

Последовательности трех самых длинных контигов были использованы , как query для megablast против генома Buchnera aphidicola (AC=CP009253)

	19 контиг	20 контиг	2 контиг
max score	26048	3947	4741
total score	34094	19440	16278
query cover	6%	5%	4%
evalue	0.0	0.0	0.0
per. identity	78.39%	76.70%	77.69%

Среднее покрытие 35.134, при этом у 93 контига покрытие 522.045455, то есть в 15 раз выше среднего.