Комплексы ДНК-белок

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

С помощью программы einverted необходимо было найти инвертированные участки в последовательности тРНК.
Запуск программы со стандартными параметрами не давал никакого результата. КОгда же я снизил штраф за гэпы до 4, а минимальное количество очков до 8. Я нашел три участка, из них в большей степени на стебель реальной молекулы похож следующий:

../../term1/block2/pr5/square.png — **Рисунок 1.**

С помощью программы Vienna RNAFold, основанной на алгоритме Зукера была построена предполагаемая вторичная структура тРНК.
С первого прогона она выглядела, как ожидаемая.

Сравнение структуры тРНК 2CV1 из банка PDB c предсказанными структурами этой молекулы в программах einverted и RNAfold
Участок структуры	find-pair	einverted	RNAfold
Акцепторный стебель	5'-501-507-3' 5'-566-572-3' 7 из 7 реальных	5 пар	7 верных пар
D-стебель	5'-510-513-3' 5'-522-525-3' 4 пары		4 канонические пары и 1 недостоверная
T-стебель	5'-549-553-3' 5'-561-565-3' 5 пар		5 реальных пар
Антикодоновый стебель	5'-526-532-3' 5'-538-544-3' 7 пар		5 реальных пар
Общее число канонических пар нуклеотидов	19	5	20

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Для исследования взаимодействий белок-ДНК может быть полезно рассмотреть следующие множества. Атомы кислорода 2'-дезоксирибозы.
Атомы кислорода в остатке фосфорной кислоты.
Атомы азота в азотистых основаниях
Ниже представлены ссылки на скрипты, выполняющие эти операции.
Определение множеств
Демонстрация

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
Остатками 2'-дезоксирибозы	8	42	50
Остатками фосфорной кислоты	19	1	20
Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	9	12	21
Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	1	5	6

Карта nucplot

Видно, что белок распознает мотив TGGT на обоих цепях ДНК. В этом присутствуют, как специфичные связывания аминокислот с нуклеотидами (пр. Arg45(A)), которые важны для распознавания мотивов, так и неспецифичные (пр. Ala9(B)).