Банки нуклеотидных последовательностей

1. Сборка генома

Ápis melliféra или Медоносная пчела принадлежит к семейству Apidae. Это одно из первых одомашненных насекомых. И его роль в сельском хозяйстве со временем не уменьшилась. Представляет интерес с научной точки зрения, как эусоциальный организм. Его геном был отсеквенирован третьим из насекомых. Всего было произведено четыре сборки.

https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/fd/Color_icon_red.svg/220px-Color_icon_red.svg.png
Рисунок 1. Фотография Apis mellifera, изображение взято с с Wikipedia.
Название сборки Amel_HAv3.1
Accession GCF_003254395.2
Уровень сборки Chromosome
Общая длина сборки 225,250,884
Число контигов 135,004
L50 13
N50 5,382,476
Число скэффолдов 177
L50 7
N50 13,619,445
Число аннотированных белков 23471
Страница Bioproject PRJNA471592
Последовательность одного из контигов в RefSeq QIUM02000001.1

Поиск произведен по Nucleotide на сайте NCBI. Текст запроса:
(Bicaudaviridae[Organism]) AND 70000:80000[Sequence Length]
Было обнаружено 6 находок.

2. CDS вируса

AC нуклеотидной записи JQ287645.1
Латинское название и TaxID вида Sulfolobus virus STSV2, 1123964
Тип генома ДНК, линейный, двуцепочечный
Хозяина вируса Архей Sulfolobus sp.
CDS CDS

Для получения файла с CDS я нажал на поле "Send to", выбрал опцию "Coding Sequences" и скачал fasta файл.

3. Ключи таблицы особенностей

tmRNA Транспортно-матричная РНК, небольшая РНК, которая участвует в освобождении рибосомы в случае, если в ней застрянет белок. 
 tmRNA           75727..76116 

                     /gene="ssrA"

                     /locus_tag="AWV77_00340"

                     /product="transfer-messenger RNA"

                     /inference="COORDINATES: nucleotide

                     motif:Rfam:12.0:RF00023"

                     /inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"

                     /note="Derived by automated computational analysis using

                     gene prediction method: cmsearch."

                     /db_xref="RFAM:RF00023"
sig_peptide Последовательность, которая кодирует N-концевой домен белка (если есть), служащий для прикрепления к мембране. 
sig_peptide     join(121..157,252..262)

                     /gene="IgH"
V_region Вариабельный участок иммуноглобулинов и Т рецепторов. 
 V_region        join(131..185,282..586)

                     /note="Ig kappa V-region V19b"
mobile_element Мобильный элемент, последовательности ДНК, которые могут перемещаться внутри генома. 
 mobile_element  1..10809

                     /mobile_element_type="transposon:DNA/PIF-Harbinger"
intron Участок интрона 
intron          209..329

                     /note="V-kappa-20 intron A"

     exon            330..637
repeat_region Участок генома, содержащий повторяющиеся участки 
 repeat_region   47529..47834

                     /note="unclassified repeat region created by

                     RepeatModeler'"
ncRNA Ген функциональный транскрипт, которого не является ни мРНК, ни рРНК, ни тРНК. 
ncRNA           1..8302

                     /ncRNA_class="lncRNA"

                     /gene="MALAT1"

                     /gene_synonym="HCN; LINC00047; NCRNA00047; NEAT2; PRO2853"

                     /product="metastasis associated lung adenocarcinoma

                     transcript 1, transcript variant 3"

                     /db_xref="GeneID:378938"

                     /db_xref="HGNC:HGNC:29665"

                     /db_xref="MIM:607924"

Назад

©Бакулин Артемий, 2018