GO

GO Enrichment Analysis

1 Название файла: 2; количество ID: 22

2 В поиске участвовали 21 ID, потому что GARS соответствует нескольки генам

3 Найдена 51 GO категория, именно столько потому что был поставлен порог FDR P < 0.05

4 Десять достоверных находок:
tRNA aminoacylation for protein translation (GO:0006418)
amino acid activation (GO:0043038)
tRNA aminoacylation (GO:0043039)
tRNA metabolic process (GO:0006399)
cellular amino acid metabolic process (GO:0006520)
translation (GO:0006412)
amide biosynthetic process (GO:0043604)
peptide biosynthetic process (GO:0043043)
ncRNA metabolic process (GO:0034660)
peptide metabolic process (GO:0006518)

5 Граф, содержащий в себе пять GO аннотаций:

6 GO категории связаны друг с другом почти исключительно вертикально, как более общие категории и более частные. Категории высшей иерархии включают гены низших категорий.

7 Почти все белки соответствующие этим генам участвуют в аминоацилировании т-РНК. Так называется GO категория с самым маленьким FDR. Все остальные GO категории включают этот процесс. Например, метаболизм белка, метаболизм некодирующих РНК (т-РНК к ним относятся)

String

1 Граф:

2 3D структуры есть для 21 узла

3 Особенно тесно связаны аминоацил тРНК трансферазы, некоторые из них гомологичны друг другу, они соприсутствуют в организмах и совместно экспрессируются в клетках, их ассоциированность подтверждается экспериментально и описано в курируемых базах данных, также они часто упоминаются совместно в статьях. MTFMT часто упоминается в одних статьях с другими белками.

4 Эти гены достаточно консервативны у всех живых существ – потому что система аминоацилирования т-РНК появилась очень рано в эволюции. Наименее консервативными оказались глицинил и триптофанил т-РНК трансферазы.

5 У других организмов достаточно хорошо ассоциирована экспрессия всех этих генов между друг другом. У человека все эти гены слабо ко-экспрессируются, особенности связаны с аминокислотным составом протеома.

Human protein atlas

1 Я выбрал ген LARS.

2 Это лейцил-тРНК-трансфераза. Она катализирует специфическое присоединение лейцина к соответствующей тРНК.

3 Этот ген высоко экспрессируется во всех отделах мозга.

4 В клетке белок соответствующий гену LARS локализован в цитоплазме.

5 В принципе в большинстве клеток наблюдается одинаковое число экспрессируемых РНК и белков. Однако почему-то в крови, жировой ткани и глазу этот белок вообще не детектируется, хотя РНК есть. Может быть это связано с нехваткой данных.

6 Этот транскрипт экспрессируется во всех тканях на высоком уровне.