Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

НазваниеМнемоника
Clostridium tetaniCLOTE
Lactobacillus acidophilusLACAC
Streptococcus pyogenes serotype M1STRP1
Streptococcus pneumoniae serotype 4STRPN
Staphylococcus aureusSTAAR
Staphylococcus epidermidisSTAES
Bacillus anthracisBACAN
Bacillus subtilisBACSU

Скобочная формула дерева

(CLOTE, ((LACAC, (STRP1, STRPN)), ((STAAR, STAES), (BACAN, BACSU)))

https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/fd/Color_icon_red.svg/220px-Color_icon_red.svg.png
Рисунок 1. Филогенетическое дерево
Цифрами обозначены нетривиальные ветви

Ветви дерева

Дерево содержит следующие нетривиальные ветви:
{STRP1, STRPN} против {LACAC, STAAR,STAES,BACAN,BACSU,CLOTE}
{STRP1, STRPN, LACAC} против {STAAR,STAES,BACAN,BACSU,CLOTE}
{STAAR,STAES} против {LACAC, STRP1, STRPN, BACAN,BACSU,CLOTE}
{ BACAN,BACSU} против {LACAC, STAAR,STAES,STRP1, STRPN,CLOTE}
{ BACAN,BACSU, STAAR,STAES} против {LACAC, STRP1, STRPN,CLOTE}

Соответствие нетривиальных ветвей таксонам

1. Lactobacillales
2. Streptococcus
3. Bacillales
4. Bacillaceae
5. Staphylococcus

Выравнивание последовательностей белка енолазы разных видов бактерий

Деревья построенные на основании выравнивания енолазы

Maximum likelihood tree: (((((STRP1,STRPN),(STAAR,STAES)),BACAN),BACSU),CLOTE,LACAC) Neighbour-joining tree: (((((STRP1,STRPN),(STAAR,STAES)),BACAN),BACSU),CLOTE,LACAC) Minimum-evolution tree: (((((STRP1,STRPN),(STAAR,STAES)),BACAN),BACSU),CLOTE,LACAC)

Назад

©Бакулин Артемий, 2018