Филогенетическое дерево
Отобранные бактерии
Название | Мнемоника |
Clostridium tetani | CLOTE |
Lactobacillus acidophilus | LACAC |
Streptococcus pyogenes serotype M1 | STRP1 |
Streptococcus pneumoniae serotype 4 | STRPN |
Staphylococcus aureus | STAAR |
Staphylococcus epidermidis | STAES |
Bacillus anthracis | BACAN |
Bacillus subtilis | BACSU |
Скобочная формула дерева
(CLOTE, ((LACAC, (STRP1, STRPN)), ((STAAR, STAES), (BACAN, BACSU)))
Ветви дерева
Дерево содержит следующие нетривиальные ветви:
{STRP1, STRPN} против {LACAC, STAAR,STAES,BACAN,BACSU,CLOTE}
{STRP1, STRPN, LACAC} против {STAAR,STAES,BACAN,BACSU,CLOTE}
{STAAR,STAES} против {LACAC, STRP1, STRPN, BACAN,BACSU,CLOTE}
{ BACAN,BACSU} против {LACAC, STAAR,STAES,STRP1, STRPN,CLOTE}
{ BACAN,BACSU, STAAR,STAES} против {LACAC, STRP1, STRPN,CLOTE}
Соответствие нетривиальных ветвей таксонам
1. Lactobacillales
2. Streptococcus
3. Bacillales
4. Bacillaceae
5. Staphylococcus
Выравнивание последовательностей белка енолазы разных видов бактерий
Деревья построенные на основании выравнивания енолазы
Maximum likelihood tree: (((((STRP1,STRPN),(STAAR,STAES)),BACAN),BACSU),CLOTE,LACAC) Neighbour-joining tree: (((((STRP1,STRPN),(STAAR,STAES)),BACAN),BACSU),CLOTE,LACAC) Minimum-evolution tree: (((((STRP1,STRPN),(STAAR,STAES)),BACAN),BACSU),CLOTE,LACAC)
©Бакулин Артемий, 2018