Практикум 11. "Гомология и выравнивание"
ID семейства белковых доменов из базы Pfam
Выбранo семейство белковых доменов Acyl-CoA oxidase
Описание выравнивания белковых доменов
Таблица 1: Информация о выравнивании
| Информация | Комментарии | |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | число последовательностей - 218; число колонок - 276; | также минимальная длина последовательностей - 168, максимальная - 201, а средняя - 180 |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 208-233 | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 208:[VAIL], 210:[LYFV], 212:[DE], 221:[LVI], 225:[LIFM], 230:[G], 233:[YL] | 230:[G] - глицин у всех последовательностей в выравнивании, то есть это абсолютно консервативная позиция |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) Если есть другие максимальные блоки с тем же подмножеством последовательностей, то опишите их. |
колонки 120-144, последовательности 1-35 | также есть позиции, где во всех последовательностях блока есть только гэпы: 133, 138-143 |
| 100% консервативные колонки в МДБ- not all | 120:[L], 123:[L], 126:[L], 132:[LIF], 144:[LFVA] | |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 79-110 |
Обозначения: