Практикум 12. Семейства белковых доменов. PFAM
Описание семейства доменов
Выбранo семейство белковых доменов Acyl-CoA oxidase
Катализируемая реакция: R-CH₂-CH₂-CO~SCoA + O₂ → R-CH=CH-CO~SCoA + H₂O₂
Данный фермент катализирует первую реакцию β-окисления жирных кислот в пероксисомах. Одним из продуктов является перекись водорода, во время протекания реакции фермент способствует переносу электронов на молекулярный кислород. Одновременно с этим происходит процесс восстанавления FAD до FADH₂
Таксономическая распространённость домена: домен встречается в большей степени у эукариот, но также присутствует и у бактерий.
| Информация | |
|---|---|
| AC pfam | PF01756 |
| ID pfam | ACOX |
| #SEED | 218 |
| #All | 17000 |
| #SW | 46 |
| #architectures | 255 |
| #3D | 12 |
| Taxonomy | |
| #eukaryota | 12985 |
| #archaea | 1 |
| #bacteria | 3966 |
Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
Описание карты локального сходства: Согласно рис. 1 можно сказать, что данные последовательности белков имеют высокое сходство. Это говорит о гомологии (общности происхождения) белков. Также значение E-value составляет 1e-59, что говорит о высокой точности полученных результатов. Из рис. 1 также видно, что последовательности выровнялись практически по всей длине; так как прямая прерывается, мы можем сделать вывод, что в одной из последовательностей присутствует небольшой участок, которого нет в другой последовательности. К тому же можно заметить, что длина участка выравнивания (которая подписана на осях) составляет 614 и 632 для соответствующих последовательностей, что также подтверждает выравнивание неполностью по всей длине.
| Название | Информация |
|---|---|
| доменная архитектура 1 | PF14749 - PF22924 - PF01756 |
| Белок с архитектурой 1 | A0A182FVD2 |
| доменная архитектура 2 | PF02771 - PF02770 - PF22924 - PF01756 |
| Белок с архитектурой 2 | A0A3F2RIH6 |
Белок 1
Доменная архитектура: PF14749 - PF22924 - PF01756
Репрезентативный белок: P34355 (short name: ACX15_CAEEL)
Белок 2
Доменная архитектура: PF02771 - PF02770 - PF22924 - PF01756
Репрезентативный белок: Q73Y56 (short name: Q73Y56_MYCPA)
