Практикум 2. Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК.

Задание 1

С помощью программы fiber пакета 3DNA построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которых представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc" (для А и В формы) и 10 раз повторенная последовательность "gc" (для Z формы)

Ссылки на соответсвующие файлы:

A форма ДНК

B форма ДНК

Z форма ДНК

Код для создания данных файлов:

fiber -a -seq=GATC -rep=5 ~/term3/block1/pr2/gatc-a.pdb
fiber -b -seq=GATC -rep=5 ~/term3/block1/pr2/gatc-b.pdb
fiber -z -seq=GC -rep=10 ~/term3/block1/pr2/gatc-z.pdb

Задание 2

В качестве азотистого основания мне был задан цитозин. Я решила выбрать B-форму ДНК, так как она наиболее распространена.

В сторону большой бороздки обращены атомы: C6, C5, C4, N4. На рисунке 1 они изображены красным цветом.

В сторону малой бороздки обращены атомы: O2, N1, C2. На рисунке 1 они изображены синим цветом.

На рисунке 2 показано как цитозин расположен относительно ДНК

В таблице 1 представлены данные, полученные в результате изучения структур ДНК из задания 1.

	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28.0	32.8	37.8
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	17.0 (A/DC`16/P - B/DC`28/P)	17.9 (A/DT`3/P - B/DA`34/P)	18.3 (A/DC`6/P - B/DC`32/P)
Ширина малой бороздки	8.0 (A/DT`7/P - B/DC`28/P)	11.7 (A/DG`9/P - B/DC`36/P)	8.7 (A/DG`15/P - B/DG`31/P)

Задание 3

В рамках этого задания перед нами стояла следующая задача: Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.

С помощью следующего кода, был получен файл с информацией представленной ниже:

remediator --old ''1QRT.pdb'' > ''1QRT_old.pdb''
find_pair -t 1QRT_old.pdb stdout | analyze