Практикум 3

2-dehydropantoate 2-reductase (Porphyromonas gingivalis W83)

Общая информация

Молекула 2QYT представляет из себя белок, а именно оксидоредуктазу. В структуре присутствует одна полимерная цепь, обозначенная как цепь A. Биологическая единица состоит из одной цепи A, является мономером.

Общий вид структуры
Рис. 1. Общий вид структуры 2-dehydropantoate 2-reductase. Цепь A показана в виде cartoon.

Вторичная структура

В белке присутствуют оба основных типа укладки. Количество альфа-спиралей примерно равно количеству бета-тяжей.

Вторичная структура белка
Рис. 2. Вторичная структура белка. Спирали показаны розовым/красным, тяжи — жёлтым/оранжевым.

Идентификация

Организм: Porphyromonas gingivalis W83

Uniprot ID: Q7MT04

Название: 2-dehydropantoate 2-reductase

Функция: Катализирует NADPH-зависимое восстановление кетопантоата до пантоиновой кислоты. Участвует в пути биосинтеза кофактора; биосинтеза (R)-пантотената; (R)-пантоата из 3-метил-2-оксобутаноата.

Мутации относительно референса из Uniprot

Количество мутаций: 2

Позиция 32: вместо цистеина – серин

Позиция 92: вместо цистеина – валин

Модифицированные аминокислотные остатки в молекуле

Тип модификации: метионин был заменен на селенометионин

Функция: связывание L-пептидов

Файл с заменой: 📄 MSE.pdb

Малые молекулы

SULFATE ION (SO₄²⁻)

Краткое наименование: SO4

Полное наименование: SULFATE ION

Файл: 📄 SO4.pdb

1,2-ETHANEDIOL (EDO)

Краткое наименование: EDO

Полное наименование: 1,2-ETHANEDIOL

Белковое окружение лиганда EDO
Рис. 4. Белковое окружение лиганда EDO (1,2-этандиол). Показаны аминокислотные остатки в радиусе 5 Å.

Файл: 📄 EDO.pdb