Практикум 2

Задание 1.

С помощью программы fiber пакета 3DNA были постороены модели A-, B-, Z-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "GATC".

Cсылки на файлы PDB:

A-форма В-форма Z-форма

Задание 2.

В экспериментальной структуре B-формы ДНК были визуально определены большая и малая бороздки. После с помощью PyMol было получено изображение цитозин красным цветом атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.

В сторону большой бороздки обращены атомы с3.с6, c3.c5, c3.c4, c3.n4

В сторону малой бороздки обращены атомы c3.n1, c3.c2, c3.o2, c3.n3

Нуклеотид с13
Рис. 1. Цитозин-13 в B-форме ДНК. Красным обозначены атомы, обращенные в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) Правая Правая Левая
Шаг спирали (Å) 28.0 33.8 43.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 16.8
(A:C16-B:T27)		 17.9
(A:T7-B:T31)		 18.3
(A:С6-B:C32)
Ширина малой бороздки 8.0
(A:A6-B:G29)		 11.7
(A:С16-B:G29)		 7.2
(A:G5-B:G39)

Задание 3

Для анализа была выбрана структура с PDB-идентификатором 2FMT .

Чтобы анализировать структуру командами пакета 3DNA, скачанный PDB-файл был переведён в старый формат:

        remediator --old 2FMT.pdb > 2FMT_old.pdb

Затем с помощью конвейера

        find_pair -t 2FMT_old.pdb stdout | analyze

был получен ряд файлов с описанием различных параметров структуры, в том числе файл 2FMT_old.out

В результате были получены следующие данные:

Номера нуклеотидов, образующих стебли(stems) во вторичной структуре заданной тРНК

2-7 (71-66), 49-53 (65-61), 38-44 (32-26), 10-13 (25-22).

Неканонические пары оснований в структуре тРНК: 50U – 64G, 54t - 58A, 55P - 18G, 35A – 33U, 38A – 32c, 44A – 26G, 14A – 8u, 15G – 48C.

Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: 54U - 58A, 55U - 18G, 35A – 33U, 14A – 8u, 15G – 48C, 19G – 56C.