Без названия 1

Выравнивание двух фрагментов

Процент идентичности - 45,8
Процент сходства - 50

Построение карты локального сходства последовательностей

Если следующая ячейка расположена по диагонали от предыдущей, то это означает соответствие местоположения остатков. Если в ячейке стоит единичка, то вместе с этим и сходство остатков либо их идентичность.
Если следующая ячейка расположена сбоку от предыдущей, то гэп в первой последовательности соответствует некоторому остатку во втором.
Если следующая ячейка расположена под предыдущей, то некоторый остаток в первой последовательности соответствует гэпу во второй.
Таблица
Выравнивание фрагмента с последовательностью белка с помощью программы bl2seq

Забив в соответствующие окошки АС белка и последовательность фрагмента, получаем выравнивание от bl2seq

>lcl|21919 unnamed protein product
Length=22

 Score = 47.0 bits (110),  Expect = 1e-13, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 22/22 (100%), Positives = 22/22 (100%), Gaps = 0/22 (0%)

Query  113  ACRKLITYAFEELELNRVAICA  134
            ACRKLITYAFEELELNRVAICA
Sbjct  1    ACRKLITYAFEELELNRVAICA  22

Координаты фрагмента: 113-134

Выравнивание последовательности исходного белка с последовательностью гомологичного белка

Белок (ID)	YDAF_BACSU	THY1_DICDI
Организм	Bacillus subtilis str. 168	Dictyostelium discoideum
Идентичность,%	46	46
Сходство,%	61	61
Число гэпов	0	0
Число идущих подряд гэпов	0	0
Суммарное число гэповых колонок	0	0
Координаты выровненных участков	107-134	245-272

Собственно, выравнивание с помощью bl2seq:

>ref|XP_641335.1|  thymidylate synthase [Dictyostelium discoideum AX4]
 sp|P15808.2|THY1_DICDI  RecName: Full=Probable thymidylate synthase thy1; Short=TS; Short=TSase
 gb|EAL67249.1|  thymidylate synthase [Dictyostelium discoideum AX4]
Length=303

 Score = 30.0 bits (66),  Expect = 2e-05, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 13/28 (46%), Positives = 17/28 (61%), Gaps = 0/28 (0%)

Query  107  KGIITAACRKLITYAFEELELNRVAICA  134
            + I+  AC   I YAFE L+L R+ I A
Sbjct  245  RPIVPVACEAFIDYAFESLKLTRLEIEA  272

Карта локального сходства