Задание 1. Открытие терминала Linux
В Windows запустили Putty и открыли терминал Linux.
Задание 2. Создание директории Pr1.
С помощью команды mkdir создал директории Pr1, попутно создавая (проверка
создания осуществлялась с
помощью команды ls) и переходя с помощью команды cd в созданные директории
Term2, Block1, Practices. Перешел в созданную директорию.
Задание 3. Получение информации о своем белке
Используя команду infoseq, вывел на экран информацию о белке (запрос
infoseq sw:YDAF_BACSU).
Затем перенаправил его в файл (запрос infoseq sw:YDAF_BACSU > 1NSL.info)
Вот что получилось:
USA Database Name Accession Type Length Organism Description
sw-id:YDAF_BACSU sw YDAF_BACSU P96579 P 183 Bacillus subtilis (strain 168) Putative ribosomal N-acetyltransferase YdaF (2.3.1.-)
Ссылка на файл 1NSL.info
Задание 4. Информация о программе infoseq
С помощью параметра -help вызвал описание программы (запрос infoseq -help).
Попробовал записать описание в файл infoseq.info, но при запросе infoseq -help > infoseq.info он
оказался пустым, что свидетельствует о том, что на экране был отображено
содержание стандартного потока ошибок (stderr). Так как этому потоку соответствует
номер 2, исправил запрос на infoseq -help 2> infoseq.info . Результат можете видеть, пройдя по
гиперссылке.
Задание 5. Поиск таких же белков в других видах рода Bacillus
Так как в идентификаторе белка слово bacsu обозначает род и вид организма - Bacillus
subtilis, то для осуществления поиска по всему роде достаточно внести в запрос
маску "*" (получаем infoseq sw:YDAF_BACSU). В итоге получаем следующее:Display basic information about sequences
USA Database Name Accession Type Length Organism Description
sw-id:YDAF_BACSU sw YDAF_BACSU P96579 P 183 Bacillus subtilis (strain 168) Putative ribosomal N-acetyltransferase YdaF (2.3.1.-)
Задание 6. Поиск с разными опциями вывода данных
Используя разные идентификаторы потока, получаем следующие запросы: infoseq sw:YDAF_BAC* 0> YDAF_BACSU.info и
infoseq sw:YDAF_BAC* 2> YDAF_BAC.info .
При использовании идентификатора 0 - обозначает стандартный поток ввода -
результатом будет являться пустой файл. При использовании идентификатора 2 - как
уже было сказано ранее, обозначает стандартный поток ошибок - в конечном файле
будет следующая запись:Display basic information about sequences
Задание 7. Программа infoseq и её параметры
Стандартные (обязательные) параметры:
"-sequence": Показывает названия последовательностей и основную
информацию. По умолчанию, активен.
Дополнительные параметры:
"-outfile": Указание имени файла для вывода
"-html": Форматирование вывода как HTML-таблицы
Продвинутые параметры:
"-columns": Оформление вывода в виде колонок. Управление осуществляется с помощью логической переменной boolean ([y/n])
"-delimiter": Выбор разделителя для выводимого текста. По
умолчанию используется "|". Можно использовать любые символы для разделения
записи.
"-heading": Отображение заголовков колонок. Управление с помощью boolean.
"-name, -usa, -database, -accession, -type, -lenght, -pgc, -organism, -description":
Параметры фильтра информации. Могут модифицироваться с помощью приставки [no]: "-noname" и с помощью впередистоящего параметра -only: "-only -name" (по умолчанию, эквивалентен "-nohead -noname -noacc -notype -nopgc -nodesc")
Общие параметры:
"-help":
Вывод справочной информации о программе.
Задание 8. Программа entret
Задание 9. Программа showdb
Задание 10. Программа needle
Задание 11. Программа water
Задание 12. Программа matcher
Задание 13. Программа stretcher
Задание 14. Программа seqret
Существует три стандартных потока: stdin (стандартный поток вывода, содержит то, что вы набираете на клавиатуре во время работы программы)
stdout (стандартный поток вывода), stderr (стандартный поток ошибки). Их идентификаторы
соответственно: 0,1 и 2.