1. Определение системы, к которой принадлежит ген из прокариотической системы секреции

Uniprot AC: A3P700
Uniprot ID: A3P700_BURP0

Белок является мембранным компонентом секреторной системы третьего типа (Type III secretion system, T3SS). 
Организм: Burkholderia pseudomallei (strain 1106a)

Данная система (T3SS) ответственна за одноэтапный транспорт эффекторных молекул патогенности из цитоплазмы бактерии в цитозоль эукариотической клетки макроорганизма. Она также обеспечивает сборку на поверхности клетки супермолекулярных структур, участвующих в транспорте протеинов непосредственно в эукариотическую клетку. Секреция эффекторных белков данной системой происходит непосредственно после контакта возбудителя с клеткой хозяина, пэтому её называют контакт-зависимой системой секреции Система есть у представителей рода Shigella, патогенных Escherihia.

2. Расшифровка терминов GO

В записи Uniprot нашлось два  идентификатора GO:

DR   GO; GO:0016021; C:integral to membrane; IEA:UniProtKB-KW.
DR   GO; GO:0006605; P:protein targeting; IEA:InterPro.

Идентификатор GO	Онтология	Значение	Описание
0006605	P - биологический процесс	поиск белков	процесс направлен на поиск специфических белков, в частности мембраны ограниченных субклеточных органелл. Обычно требуется органелл специфичные мотивы последовательности белка.
0016021	C - клеточный компонент	трансмембранный (встроенный в мембрану)	проникает по крайней мере в один фосфолипидный бислой мембраны

3. Поиск гомологов белка в геномах других бактерий

Используя "blastp against complete genome" в разделе "Searching DNA or Protein Sequences (in a selected organism)" на SEED (FIG) и последовательность в fasta-формате, находим наш ген. Перейдя по ссылке на него, увидим графическое окно с гомологами из разных геномов: 



Для получения ортологов были выставлены следующие параметры: Number of Regions – 50, Evalue cutoff – 1e-7.
Затем были отобраны 15 ортологов из разных родов. На изображении ниже представлена карта окрестностей отобранных ортологов. 



Исходный белок - BURPS1106A_A2077 (обозначен цифрой 1) во всех случаях был аннотирован одинаково и отнесен к нужной системе.
Белки 2 и 3 встречаются во всех ортологах, а белок 4 есть во всех ортологах, кроме последнего.
Также у первых пяти ортологов присутствуют белки 5, 6 , 9 и 10.