Выравнивание набора гомологов своего белка
Воспользуемся Blast для того, чтобы отыскать возможные гомологи YDAF_BACSU, учитывая при этом следующие моменты: E-value
< 0.001, отсутствие одинаковых белков из слишком родственных организмов, желательно ограничение выдачи таксоном Bacteria.
Полученную выборку записали в файл mypro.list
sw:YDAF_BACSU
sw:RIML_ECOLI
sw:RIMJ_SHIFL
sw:RIMJ_PSEAE
sw:Y802_MYCTU
Командой (seqret @mypro.list mypro.fasta) получили эти последовательности в fasta-формате
Выравнивание по методу Clustal с окраской по BLOSUM62 с консервацией 40
Консервативные участки (по столбцам): 89-98, 120-125, 164-169
Воспользовавшись полученными ранее навыками с помощью специального поиска отыщем интересующие нас белковые последовательности дельтавирусов
Полученное количество результатов - 17
В соотвествии с указаниями выравниваем последовательности с помощью команды на сервере
muscle -in delta.fasta -out delta _aligned.fasta
Открыли delta_aligned.fasta в Jalview
Окрасили выравнивание по BLOSUM62 с консервацией 50
