Штамм: Chloroflexus aggregans DSM 9485
Синонимы: Chloroflexus aggregans MD-66
Таксономия:
домен Bacteria
раздел Chloroflexi
класс Chloroflexi
отряд Chloroflexales
семейство Chloroflexaceae
род Chloroflexus
Chloroflexus aggregans был впервые извлечен из горячих источников в Японии и был описан Ханадой и соавт.(1995). Характеристики этого вида, в основном, аналогичны другим Chloroflexus sрр. C.aggregans растет анаэробно как фотогетеротроф и аэробно как хемогетеротроф. Оптимальная температура роста C.aggregans составляет 55°С, а процент содержание пары нуклеотидов G-C в его ДНК 56,7%. Организм формирует скользящие нити переменной длины с диаметром от 1 до 1,5 мкм. Этот организм формирует в жидкой среде агрегаты, имеющие вид шаров зеленого цвета (Ханада и соавт. , 2002). Название организмов происходит от следующего наблюдения: клеточные агрегаты быстро образовывались, когда растущую культуру диспергировали до однородной суспензии. Физиологические и биохимические исследования показывают, что этот штамм отличается от штаммов Chloroflexus aurantiacus, и по этой причине были даны различные названия видов. Однако, за рамками этих начальных физиологических исследований свойства этого организма в основном неизвестны. Характеристика генома, как ожидается, внесет существенный вклад в наши знания о происхождении и эволюции фотосинтеза и поможет значительно более подробно понять бескислородный фототрофный метаболизм.
Информация взята из данных статей: Uniprot, ENA, PubMed
Интересные нямки:
Карта генома + информация о факторах транскрипции
здесь
Интерактивная карта генома,
сделанная на Java
Информация о аминокислотах и белках:
1. Аминокислотный состав:
| |
| A |
151239 |
11.22 |
| C |
11264 |
0.84 |
| D |
67371 |
5.00 |
| E |
72904 |
5.41 |
| F |
44991 |
3.34 |
| G |
102384 |
7.60 |
| H |
29203 |
2.17 |
| I |
80124 |
5.95 |
| K |
25489 |
1.89 |
| L |
151652 |
11.25 |
| M |
27097 |
2.01 |
| N |
37104 |
2.75 |
| P |
81093 |
6.02 |
| Q |
54229 |
4.02 |
| R |
103295 |
7.67 |
| S |
64393 |
4.78 |
| T |
82603 |
6.13 |
| V |
102849 |
7.63 |
| W |
21648 |
1.61 |
| Y |
36650 |
2.72 |
|
2.Распределение длин белков
|
Analysis of full-length proteins [fragments excluded]
Average protein length : 361 +/- 277 amino acid residues
Size range: 31 - 5517 amino acid residues |
|
3. Частота кодонов в хромосомах
Наведите курсор для отображения значения
|