PSI-BLAST

1. Итеративный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot

Первые три последовательности: P18196, P0A832, P17265. Третья - это последовательность моего белка. Изменяем банк поиска на Swiss-Prot, программу на PSI-BLAST и значение параметра "Max target sequences" ставим на 5000. Выполняем до пяти итераций, пока появляются новые последовательности выше порога на E-value 0,005. Если после пятой итерации список не стабилизировался, останавливаемся.

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	6	165	0,004	0,005	995	9e-04	0.099
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-12	4.9	514	3e-38	0.42
Y380_RHIME	P17265	4	15	7e-04	0.027	25	3e-18	0.024
YDAF_BACSU	P96579	6	12	0.0002	0.007	437	0.004	0.007

P18196:
Число находок с каждой итерацией увеличивалось. Разрыв между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей находки ниже порога то увеличивалось, то уменьшалось.
P0A832:
Число находок от итерации к итерации не изменялось, разрыв в значениях E-value увеличивался.
P17265:
Число находок сначала увеличилось, а потом не изменялось. Разрыв в значениях e-value постоянно изменялся.
P96579:
Число находок все время увеличивалось. Разрыв в значениях E-value сначала увеличился, потом не изменялся. Список и после пятой итерации "не сошелся".
2.

Поиск для последовательностей, число интераций которых больше 5

Порог ставим на 0,001.

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	3	157	0,001	0,001	188	4e-12	0,001
YDAF_BACSU	P96579	6	12	2e-04	0,007	429	5e-04	0,002

При понижении порогового значения исключаются некоторые последовательности с большим значением E-value, поэтому список "сходится" быстрее. На третьей итерации список для MINC_ECOLI "сошелся". Для YDAF_BACSU список не стабилизировался после шестой итерации.