Работа в программе RasMol
Kарта Рамачандрана

Определение торсионных углов φ, ψ и ω у десятого аминокислотного остатка


Таблица. Измерение торсионных углов остатка ILE10.

Название двугранного угла

Угол определяется по координатам атомов (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках – название атома)

Данный угол описывает поворот вокруг связи

Результат измерения с помощью RasMol

φ

  1. HIS9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
  2. ILE10:A.N (атом азота 10-го остатка цепи A)
  3. ILE10:A.CA (атом Calpha 10-го остатка цепи A)
  4. ILE10:A.C (атом углерода 10-го остатка цепи A)

Ni - Calphai

-111.84

ψ

  1. ILE10:A.N (атом азота 10-го остатка цепи A)
  2. ILE10:A.CA (атом Calpha 10-го остатка цепи A)
  3. ILE10:A.C (атом углерода 10-го остатка цепи A)
  4. THR11:A.N (атом азота 11-го остатка цепи А)

Calphai - Сi

106.79

ω

  1. ILE10:A.CA (атом Calpha 10-го остатка цепи A)
  2. ILE10:A.C (атом углерода 10-го остатка цепи A)
  3. THR11:A.N (атом азота 11-го остатка цепи А)
  4. THR11:A.CA (атом Calpha 11-го остатка цепи A)

Сi - Ni

179.74



Изображение, иллюстрирующее определение угла φ




Построение карт Рамачандрана для множеств аминокислотных остатков



Карта для всех остатков, пролинов и глицинов

Карта для всех остатков, альфа-спиралей и бета-листов

Таблица Excel
PDB файл белка
Скрипт