Поисковые системы

Sequence Retrieval System

№1. Поиск особенностей белка
Из особенностей выбрал второй бета-тяж, четвертую альфа-спираль и первый бета-поворот.
Второй бета-тяж образован 6 аминокислотными остатками (с 7 по 12): аспарагин, глутаминовая к-та, гистидин, изолейцин, треонин, изолейцин (NEHITI)
ID   YDAF_BACSU_4;  parent: YDAF_BACSU
FT   STRAND        7     12
SQ   Sequence     6 AA;
     NEHITI
//

Четвертая альфа-спираль образована 10 остатками (с 54 по 63): изолейцин, изолейцин, пролин, аспарагиновая к-та, триптофан, аргинин, аргинин, глутамин, тирозин, аланин (IIPDWRRQYA)
ID   YDAF_BACSU_9;  parent: YDAF_BACSU
FT   HELIX        54     63
SQ   Sequence    10 AA;
     IIPDWRRQYA
//


Первый бета-поворот образован 5 остатками (с 29 по 33): глутамин, аспарагин, глутамин, глутамин, аргинин.
ID   YDAF_BACSU_7;  parent: YDAF_BACSU
FT   TURN         29     33
SQ   Sequence     5 AA;
     QNQQR
//



№2. Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к моему белку
К сожалению, кроме моего белка поиск не выдал никаких результатов. Вот файл описания
№3. Полноразмерные белки из Firmicutes
Формулировка функции белкаСтрока запросаКоличество найденных документов
Ацетилирование рибосомальных белков([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((([swissprot-Comment:acetylate*] & [swissprot-Comment:ribosomal*]) & [swissprot-Comment:protein*]) > parent ))2
N-ацетилтрансфераза(([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Comment:N-acetyltransferase*] > parent )) & ([swissprot-Comment:ribosomal*] > parent )) 3
Ацетилирование белков(([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Comment:acetylation*] > parent )) & ([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*])) 146


№4. Полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате
Файл с последовательностями
№5 Белки в xls
Файл с таблицей