Банк UniProt. Белок в UniProt


Метка поля Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number") AC  P96579; Q797M8;
Идентификатор записи в БД ID  YDAF_BACSU
Название (краткое описание) белка DE RecName: Full=Putative ribosomal N-acetyltransferase YdaF;
EC=2.3.1.-;
Дата создания документа DT  
Дата последнего исправления аннотации DT 16-MAY-2012, entry version 72.
Число публикаций, использованных при создании документа RN 3
Журнал и год самой поздней публикации RL Proteins 57:850-853(2004)
Ключевые слова KW 3D-structure; Acyltransferase; Complete proteome; Reference proteome; Transferase.
Что содержит поле комментариев? СС -!- FUNCTION: Putative N-acetyltransferase. May act on ribosomal proteins (Potential).
-!- SUBUNIT: Homohexamer, and homodimer.
-!- SIMILARITY: Belongs to the acetyltransferase family.
-!- SIMILARITY: Contains 1 N-acetyltransferase domain.
-----------------------------------------------------------------------
Copyrighted by the UniProt Consortium, see http://www.uniprot.org/terms
Distributed under the Creative Commons Attribution-NoDerivs License
-----------------------------------------------------------------------
Идентификаторы записей PDB DR 1NSL

Ответы на вопросы:
  • 5.Какие ионы связываются с белком? Хлорид-ионы Cl-
  • 13.Получите последовательность 2-й альфа-спирали, используя команду seqret пакета EMBOSS. Командой seqret sw:cdd_bacsu second_helix.fasta -sbegin 20 -send 28 получаем файл
  • 14.Получите последовательность 3-го бета-тяжа, используя команду seqret пакета EMBOSS. Командой seqret sw:cdd_bacsu third_strand.fasta -sbegin 72 -send 74 получаем файл

    Команда/запрос Число записей в SwissProt Число записей в TrEMBL
     infoseq sw:ydaf_* -only -description -noheading | wc --line 3 -
    "ribosomal N-acetyltransferase" 1 31
    Name:"N-acetyltransferase" and "ribosomal" 3 1010
    Name:"N-acetyltransferase" 1312 23859
    "N-acetyltransferase" 1746 108337