|
Меню
На главную Второй семестр |
Для выполнения этого практикума мною было выбрано множественное выравнивание №4.
JalView project с результатами выполнения заданий практикума. Задание 1.Для сортировки последовательностей по сходству было построено дерево родства. (Рис.1)
Рис.1 Дерево родства последовательностей (Neighbour Joining Using PAM 250). |
Задание 2.На рисунках 2a и 2b представлены изображения множественного выравнивания с раскраской BLOSUM62 с порогом консервативноcти 30 и ClustalX. Блоки отмечены буквой В. В кластеры их объединить нельзя. Самый длинный участок, не входящий в состав блоков и кластеров, отмечен буквой Х.
Рис.2a Множественное выравнивание с раскраской BLOSUM62 и порогом консервативности 30. 
Рис.2b Множественное выравнивание с раскраской ClustalX. На рисунке 3 участок, на котором остатки двух или более последовательностей, предположительно, гомологичны, а остатки остальных - скорее негомологичны им (точнее, нет данных за их гомологичность) обозначен буквой Н. На этом участке обнаруживается высокое сходство этих последовательностей между собой при отсутствии сходства с другими последовательностями. Итак, последовательности MACCJ/1-81 и STAAC/1-81 гомологичны. Дерево родства подтверждает это предположение.
Рис.3 Участок гомологичности только двух последовательностей из всего множественного выранивания. Задание 3.Для выполнения задания был выбран самый большой блок (4-22) длиной 19 аминокислот. Результаты представлены в табл.1.Таблица 1. Количественный анализ гомологичности данных последовательностей.
В самом большом участке, не входящем в состав блоков и кластеров, 29 позиций. Из них 11 с гепами, что составляет 38%. Задание 4.В выравнивание была добавлена и вписана вручную последовательность. Результаты на рис.4.
Рис.4 Выравнивание с новой последовательностью. Задание 5.В задании требовалось вписать в выравнивание заведомо негомологичную последовательность.(Рис.5) В качестве такой последовательности была выбрана последовательность белка моей бактерии из первого семестра - YP_144620. Эта последовательность оказалась длиннее выравнивания для того, поэтому я ее обрезала до 88 позиций. Среди них 1 полностью консервативная и 10 функционально консервативных, что составляет 1% и 10% соответственно. Эти совпадения случайны и не говорят о гомологичности, потому что такие позиции нельзя объдинить в блоки или кластеры.
Рис.5 Выравнивание с вписанной последовательностью белка из первого семестра. Задание 6.Для выравния негомологичных последовательностей были выбраны пять последовательностей из банка PDB: 3ICP, 1J2Y, 3L7Y, 1D3Y, 17GV. Множественное выравнивание с помощью muscle представлено на рис.6a и 6b. В выравнивании есть участки (отмечены красным на рисунке) с высоким совпадением позиций, но даже по формальному признакам: на границах блока функционально консервативные колонки и внутри блока нет подряд более трех неконсервативных колонок - их нельзя назвать блоками. Значит, в кластеры нечего объединять. Так же нет невертикальных блоков и кластеров. Все последовательности негомологичны попарно.
Рис. 6a, 6b. Выравнивание с вписанной последовательностью белка из первого семестра. |
© Корзина Анастасия, 2015