Таблица 1. Результаты поиска в BLASTP
| Находка | Длина | Bit score | Indentities | Positives | E-value | Изображение выравнивания |
| Лучшая 3-dehydroquinate dehydratase Thermus thermophilus HB27 (Q72IZ2.1) |
149 | 765 | 100% | 100% | 2e-103 |  |
| Из середины 3-dehydroquinate dehydratase Meyerozyma guilliermondii ATCC 6260 (A5DAY6.2) |
142 | 282 | 43% | 61% | 1e-30 |  |
| Худшая threonine-protein kinase Dictyostelium discoideum (Q54PX0.1) |
51 | 65 | 18% | 27% | 9.6 |  |
Среди находок большинство белков пренадлежит бактериям. Также есть гомологи среди белков аскомицетов и базидиомицетов. Белки с плохим E-value и в следствие этого негомологичные квери пренадлежат рыбам и приматам. На рисунке 1 изображено графическое представление результатов поиска. Для того, чтобы в нем не было лишних находок, установлен порог максимального E-value 0.001.
Рис.4 Графическое представление результатов поиска.
Задание 2.
Требовалось провести поиск по определенному таксону, например, bacteria. Ссылка на запрос Т.к. уменьшилась база последовательностей, то и уменьшилось число находок и их E-value. Для лучшей находки из прошлого запроса E-value уменьшилось до 9e-104. Кроме E-value ничего больше не изменилось (огранизм, название белка, score, indentities, positives), поэтому это точно та же находка.Задание 3.
Карту локального сходства построила для последовательности белка 3-dehydroquinate dehydratase Shewanella baltica OS195 из середины. На рисунке 2 представлена карта локального сходства. Гэпы в выравнивании (рис.3) соответствуют разрывам на графике локального сходства.
|
 |
|
Рис. 2 Карта локального сходства последовательностей белков 3-dehydroquinate dehydratase двух бактерий: Thermus thermophilus HB27 и Shewanella baltica OS195 |
Рис 3. Парное выравнивнивание этих же последовательностей |
Задание 4.
С помощью команды makeblastdb была создана база данных из последовательностей белков из множественного выравнивания 8 прктикума. Командой blastp найдены последовательности похожие на белок моей бактерии 3-dehydroquinate dehydratase Thermus thermophilus HB8. Для лучшей находки Bit score 28, E-value 1.0, 29% одинаковых и 39% схожих позиций. (Рис.3) Находки случайны, потому что даже у лучшей E-value очень большое, в 1000 раз больше теоретически максимального и в 1017 раз больше максимального E-value для гомологов из первого задания. E-value такой большой, потому что короткое выравнивание и мало совпадающих колонок.
Рис.3 Парное выравнивание моего белка и лучшей находки из моей базы данных.