Внутренности белков и макромолекулярных комплексов

Меню

На главную

Второй семестр

После того, как структура загрузится, надо нажать три кнопки:

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task
Text of the script for 3rd task

1. В моем белке два гидрофобных ядра и 4 гидрофобных участка на поверхности. На третьей картинке первого скрипта можно посмотреть ядра, раскрашенные разным цветом. Первое содержит 164 атома, второе - 145. Количество атомов в двух ядрах в сумме занимает 25% от количества всех атомов в белке.
2. Плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре.
a) Минимальное расстояние от остатка, на котором расположены атомы, полностью покрывающие его поверхность, - 6 ангстрем. b) На 5 и 6 пунктах появляется наибольшее количество атомов, почти полность закрывающих выбранный остаток. c) Ван-дер-Ваальсов радуис кислорода 0,14 нм, что соизмеримо с размерами пустот. Но молекуле кислорода было бы удобнее находиться в этих пустотах, чем воде, потому что она тоже гидрофобна.
3. В апплете изображена часть ДНК-белкового комплекса. Этот комплекс регулирует ген, кодирующий пенициллин-связывающий белок в метициллин-устойчивых золотистых стафиллококах. (С сайта http://www.rcsb.org)