PSI-BLAST

Меню

На главную

Второй семестр

Для последовательности моего белка 3-dehydroquinate dehydratase бактерии Thermus thermophilus HB8 с помощью PSI-BLAST создано семейство гомологов, найденных в банке SwissProt.
С условиями поиска можно ознакомиться по ссылке .
JalView project с результатами практикума.
Окна в проекте:
i. с множественным выравниванием, построенным muscle на всех найденных последовательностях;
ii. с множественным выравниванием сида, построенным muscle;
iii. с множественным выравниванием сида, построенным mafft;
iv. выравнивание выравниваний с помощью muscle;

В таблице 1 представлены результаты работы PSI-BLAST. Максимальное E-value уменьшила до e-4, потому что в результатах появлялся явно негомолог. После 4 итерации стабилизируются результаты.

№	Кол-во находок	Новые находки	Лучшая находка ID	Score	E-value	Худшая находка ID	Score	E-value
1	295	-	100%	299	2e-103	38%	78.6	2e-17
2	295	-	40	264	9e-90	48%	193	1e-61
3	295	-	43%	260	4e-88	46%	190	1e-60
4	295	-	43%	262	5e-89	46%	191	5e-61

Последователности были выровнены с помощью команды muscle.

muscle -in seqdump.fasta -out al.fasta

С большим количеством последовательностей работать неудобно, поэтому из всех поледовательностей был отобран сид с помощью JalView. 19 последовательностей отбралось с процентом индентичности 71 и большим. На рисунках 1 и 2 представлены множественные выравнивания сида.

Рис.1 Множественное выравнивание сида в muscle.

Рис.2 Множественное выравнивание сида в mafft

Выравнивания выровнены с помощью muscle. На рисунке 3 представлен участок выравнивания, на котором между двумя блоками заключен негомологичный фрагмент. Консервативные и функционально консервативные колонки одинаково расположены, гэпы расставлены по-разному.

Рис.3 Выравнивание выравниваний