Водородные связи между белком и ДНК. Белок в движении.

Меню

На главную

Второй семестр

После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script 1
Text of the script 2

Задание 1.

Первый скрипт выдает 21 связь, потому что он считает связи, основываясь на расстояниях и углах между атомами. И по этим критериям проходят несколько связей из ДНК и белка в отдельности. После нажатия кнопки "Resume" на картинке остаются водородные связи между белком и ДНК. Таких связей 12. (Посчитано вручную)

Задание 2.

Для изучения подвижности белка с помощью программы Jmol и скрипта, приложенного в задании, были измерены максимальные расстояния между одними и теми же атомами в разных моделях из разных участков белка. (В файле 20 моделей). Результаты измерений представлены в таблице 1.
Определенно, подвижность атома связана с вторичной структурой, образуемой ими. Наиболее неподвижны атомы в составе альфа-спирали, а наиболее подвижны на краевых петлях. Также подвижность зависит от удаленности атома от остова. Наиболее неподвижные приходятся на остов.

Таблица 1. Результаты измерений расстояния между атомами в разных моделях.

Расположение атома	Остаток	Максимальное растояние, А
С-альфа атом из бета-тяжа	[LYS]8	1.70
С-альфа атом с конца альфа-спирали	[ASP]14	1.07
С-альфа атом из серидины альфа-спирали	[GLU]32	0.80
С-альфа атом из краевой петли цепи А	[ASP]3	2.81
С-альфа атом из краевой петли цепи А	[LYS]51	3.33
С-альфа атом из краевой петли цепи В	[LYS]151	2.19
С-альфа атом из краевой петли цепи В	[ASP]103*	2.46
Концевой атом азота из бета-тяжа	[LYS]8	4.90
О-дельта-1 атом с конца альфа-спирали	[ASP]14	4.62
О-эпсилон-1 атом из серидины альфа-спирали	[GLU]32	4.96
О-дельта-1 атом из краевой петли цепи А	[ASP]3	7.04
Концевой атом азота из краевой петли цепи А	[LYS]51	8.03
Концевой атом азота из краевой петли цепи В	[LYS]151	7.19
О-дельта-1 атом из краевой петли цепи В	[ASP]103*	6.04

* Кроме аспарагина и лизина немаленьких остатков в краевых цепях не нашлось. Поэтому были измерены расстояния между атомами в этих остатках из двух цепей. В результате получилось, что в совершенно симметричном белке, состоящем из двух одинаковых цепей, краевые петли одной цепи значительно более подвижные, чем другой. Предположений, почему это так, нет.