UniProt

Задание 1.

3-dehydroquinate dehydratase принадлежит бактерии Thermus thermophilus HB8. В таблице 1 представлены идентификаторы его записей в базах данных Uniprot, Uniref50, RefSeq Proteins, PDB.

Табл.1 Индентификаторы записей белка 3-дегидрокиназы в различных базах данных. WP_011173409.1

База данных Индентификатор

UniProt ID/AC AROQ_THET8/Q5SIL5

UniRef50 UniRef50_Q88QD4

RefSeq Proteins YP_144620.1

PDB 2UYG

Задание 2.

Первая версия была создана 21.12.2014, последняя (65) - 07.01.2015. Были добавлены строки с описанием, ссылками на другие базы данных и особенностями последовательности. На Рис.1 видно, что у первой и последней версии различаются ID. Строка со штаммом бактерии, синтезирующей этот белок, изменена добавлением еще двух штаммов. (Рис.2)

Рисунок 1. Изображение различных ID 1 и 65 версии записи в базе данных UniProt: http://www.uniprot.org/ .

Рисунок 2. Изображение строк со штаммами бактерий из 1 и 65 версии записи в базе данных UniProt: http://www.uniprot.org/ .

Задание 3.

Родственные белки образуют кластеры. Длина у них примерно одинаковая - 151 аминокислота, но у моего белка 149. Также отличия между белками находятся в особенностях поледовательности. Возможно, большое количество особенностей последовательности в моем белке обуслевленно наличием PDB-файла.
Сравнительная таблица трех дегидрокиназ.

Задание 4.

Информация о дисульфидных связях из записи Q43495 из базы данных UniProt.

FT DISULFID 41 77 {ECO:0000250}.
FT DISULFID 51 66 {ECO:0000250}.
FT DISULFID 67 92 {ECO:0000250}.
FT DISULFID 79 99 {ECO:0000250}.