Поиск в базах данных.

Упражнения.

Код референсного протеома бактерии Brucella abortus.	UP000002719
Количество белков систем секреции.	17
Количество белков систем секреции, не помеченных как не охарактеризованные.	16
Количество железосвязывающих белков.	5
Статья Блюменталя "Транс-сплайсинг и опероны в C.elegans".	Запрос: "Blumenthal Trans-splicing and operons in C. elegans". Число находок: 15. PMID статьи: 23175478
Список публикаций, в которых цитируется данная работа.	Файл Excel со списком статей.

Тема: Рибосомальные белки бактерий (5b)

Запросы:
1) Запрос к базе данных протеомов для нахождения бактерий из того же вида, что и моя бактерия Thermus thermophilus HB8.

taxonomy:thermus AND reference:yes

Результат: 14 находок вместе с моей бактерией. Для выполнения задания выбрала еще одну бактерию. (Табл.1)

Таблица 1. Результаты 1 запроса.

Организм	Идентификатор протеома
Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)	UP000000532
Meiothermus silvanus (strain ATCC 700542 / DSM 9946 / VI-R2) (Thermus silvanus)	UP000001916

2) Запрос к базе данных UniProt для нахождения рибосомальных белков.

"ribosomal protein" (proteome:up000001916 OR proteome:up000000532)

Результат: 117 находок, среди которых не только белки, входящие в состав рибосом, но и факторы, отвечающие за различные процессы, связанные с рибосомами, и компоненты других белков.

3) Запрос к базе данных UniProt с исключением факторов. Окончательный для этой БД.

"ribosomal protein" (proteome:up000001916 OR proteome:up000000532) NOT factor NOT component

Результат: 82 находок. Таблица 1 с найденными белками в формате Excel.

4) Запрос к базе данных PDB был сформирован с помощью Advanced Search.

StructTitleQuery: struct.title.comparator=contains struct.title.value=ribosomal protein and TAXONOMY is just Thermus thermophilus HB8

Результат: 39 записей в Таблице 2 . Многие записи - это разные цепи одного белка или записи с одним и тем же белком, но из нескольких источников. Среди этих записей всего три различных белка: 50S L11, 30S S19 и LSU L16P.

5) Запрос к базе данных PubMed.

"bacterial ribosomal protein" not rna

Pезультат: 22 статьи в Таблице 3 .

Белки, входящие в состав рибосом:
- 50S субъединица: 2-7, 9-22, 24, 25, 27-36L. (Некоторых номера повторяются, потому что две бактерии)
- 30S субъединица: 1-20, 23S. Без повторений. Все принадлежат Thermus Silvanus
- Sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA
Из них только два представлены в PDB.