| |
Упр.2.
Программа RNAfold из пакета Viena Rna Package реализует алгоритм Зукера. С использованием ее web версии ( ссылка )получена структура РНК, наиболее близкая к реальной. (Рис. 3 и 4)
В таблице 1 представлены результаты сравнения различных способов предсказания структуры тРНК.
На рисунке 2 подписаны названия стеблей. (Из статьи Фаворовой О.О. ссылка )
 |
 |
 |
| Рис.2. Универсальная укладка полинуклеотиной цепи тРНК. |
Рис.3. Результат работы RNAfold с minimum free energy (MFE). |
Рис.4. Результат работы RNAfold с параметрами minimum free energy (MFE) and partition function. Красным покрашены нуклеотиды с вероятностью совпадения их расположения в структуре на рисунке и в реальной структуре близкой к 1. |
Таблица 1. Сравнение предсказаний вторичной структуры find_pair, einverted и RNAfold.
| Участок структуры |
Позиция в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель |
5'-1-7-3'
5'-72-66-3'
7 пар |
5'-1-8-3'
5'-70-63-3'
8/7 пар* |
7/7 |
| D-стебель |
5'-10-12-3'
5'-25-23-3'
3 пар |
- |
0/3 |
| Т-стебель |
5'-49-53-3'
5'-65-61-3'
5 пар |
- |
4/5 |
| Антикодоновый стебель |
5'-38-43-3'
5'-32-26-3'
5 пар |
- |
5/5 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов |
20 пар |
8 пар |
16 пар |
*нумерация не совпадает, но это один и тот же стебель(судя по последовательности нуклеотидов), только восьмая пара состоит из двух нуклотидов других стеблей, где каждый из нуклеотидов восьмой пары связан с комплиментарным.
Задание 2
Упр.2.
В таблице 2 приведены количества различных контактов ДНК с белком. Полярными считаются атомы кислорода и азота, а неполярными - атомы углерода, фосфора и серы. Полярный контакт - ситуация, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å.
Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1bdt.pdb
| Контакты атомов белка с |
Полярные |
Неполярные |
Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы |
2 |
29 |
31 |
| остатками фосфорной кислоты |
35 |
41 |
76 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
16 |
53 |
69 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
0 |
11 |
11 |
Упр.3.
С помощью программы nucplot получено популярную схему(рис.5) ДНК-белковых контактов.(Вода из исходного pdb удалена.)
Рис.5. Схема ДНК-белковых контактов.
Упр.4.
Больше всего контактов с ДНК у четвертого метионина цепи D. (Рис.5.)
Для распознавания последовательности ДНК имеет наибольшую важность тот аминокислотный остаток, у которого есть связи с азотистыми основаниями. У девятого глутамина из А цепи есть водородная связь с аденином 18. (Рис.6.)
 |
 |
| Рис.5. MET4:D с наибольшим количеством контактов с ДНК - шестью. |
Рис.6. GLN9:C - наиболее важный аминокислотный остаток для разпознавания последовательности ДНК. |
|
