Рис.1. Результат поиска в blastn. Галочками отмечены 8 последовательностей, найденных megablast. Красным прямоугольником выделены короткие последовательности, которые не нашел discontiguous megablast.
Задание 3.2
Надо было проверить наличие гомологов пяти белков, которые скорее всего есть у эукариот, в геноме организма X5. На рисунке 2 представлены искомые белки, их идентификаторы в UniProt и их функции.
Рис.2 Таблица с информацией о белках.
Для каждого белка были найдены похожие последовательности в геноме X5. (Рис.3.)Janus kinase 2
Находок много, но у них всех процент идентичности ниже 50. Таблица с находками как-то хитро отсортирована: не по уменьшению e-value, score или процента идентичности. На рисунке 2 приведены первые несколько последовательностей. Красными рамочками выделены две последовательности, у которых одинаковая длина, количество гэпов и процент идентичности, но они соответствуют разным последовательностям в геноме X5, и поэтому отличаются score и e-value. Лучший e-value у первой находки. Наибольший процент идентичности - 48,39% - у находки из серидины списка длиной 31 нуклеотид. Можно считать, что нет достоверных находок и что белок X5 сильно отличается от человеческого JAK2. (Рис.2.)
Рис.3. Предполагаемые гомологи JAK2 в геноме X5.
40S Ribosomal protein S2
Всего три находки и две из них отличаются только координатами в геноме X5. Их высокий процент идентичности и низкий e-value позволяют предположить, что в геноме X5 есть похожий белок малой субъединицы рибосомы. (Рис.4.)Третья находка имеет слишком большой e-value и короткая.
Рис.4. Предполагаемые гомологи RS2 в геноме X5.
Tubulin alpha-1A
Процент идентичности первых двух находок и их нулевой e-value свидетельствуют о том, что у X5 почти такой же тубулин, как и у человека. Их различают 31 и 32 SNP для первой и второй находки соответственно. Остальные находки либо содержат гэпы, либо слишком короткие. (Рис.5)
Рис.5. Гомологи TUBA1A в геноме X5.
Protein argini N-methyltransferase 1
E-value для первых двух находок низкий, но процент идентичности и количество мисматчей оставляют желать лучшего.(Рис.6.) Белок аргинин N-метилтрансферазы 1 у X5 лишь отдаленно напоминает такой же у человека.
Рис.6. Гомологи ANM1 в геноме X5.
Alcohol dehydrogenase
Ситуация аналогична предыдущей.(Рис.7.)
Рис.7. Гомологи ADH7 в геноме X5.