Занятия 1-3. Филогенетическое дерево

Меню

На главную

Четвертый семестр

Выбранные бактерии

Название Мнемоника
Bradyrhizobium diazoefficiens BRADU
Rhizobium etli RHIEC
Burkholderia cenocepacia BURCA
Neisseria meningitidis NEIMA
Enterobacter sp. 638 ENT38
Salmonella typhimurium SALTY
Yersinia pestis YERPE

Скобочная формула дерева

((BRADU, RHIEC), ((BURCA, NEIMA), (YERPE, (ENT38, SALTY))));

Изображение дерева (получено с помощью программы MEGA)


Ветви дерева

Дерево содержит пять нетривиальных ветвей:
1. (BRADU, RHIEC) против (BURCA, NEIMA, YERPE, ENT38, SALTY)
2. (BRADU, RHIEC, BURCA, NEIMA) против (YERPE, ENT38, SALTY)
3. (BRADU, RHIEC, BURCA, NEIMA, YERPE) против (ENT38, SALTY)
4. (BRADU, RHIEC, YERPE, ENT38, SALTY) против (BURCA, NEIMA)
5. (BRADU, RHIEC, ENT38, SALTY) против (YERPE, BURCA, NEIMA)

Таксономия

Название Мнемоника Таксономия
Bradyrhizobium diazoefficiens BRADU cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Bradyrhizobiaceae; Bradyrhizobium
Rhizobium etli RHIEC cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Rhizobium
Burkholderia cenocepacia BURCA cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex
Neisseria meningitidis NEIMA cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Enterobacter sp. 638 ENT38 cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Enterobacter
Salmonella typhimurium SALTY cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica; Salmonella enterica subsp. enterica
Yersinia pestis YERPE cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex

Нетривиальные ветви отражают разбиение бактерий на классы:
1. Alphaproteobacteria - (BRADU, RHIEC)
2. Betaproteobacteria - (BURCA, NEIMA)
3. Gammaproteobacteria - (YERPE, ENT38, SALTY)

Укоренение в среднюю точку


До укоренения дерева бетапротеобактерии и гаммапротеобактерии были на одной ветви, а альфапротеобактерии - на другой, после укоренения альфапротеобактерии и бетапротеобактерии объединились в одну ветвь, а гаммапротеобактерии составили другую. Укорененное дерево не совпадает с "правильным".

© Корзина Анастасия, 2016