Рис. 1. Оперон 1723(в фиолетовой рамке).
2. STRING
В STRING нашлись белки из оперона 1723, а так же еще несколько из соседних оперонов, например, phdB из оперона 1724.(Рис.2).
Рис.2. Карта связей между белками, построенная STRING.
Геномное окружение представлено на рисунке 3.
Рис. 3. Геномное окружение белка pdhD. Обозначения гомологов(как на рисунке 2): красный - pdhD, оранжевый - pdhC, бирюзовый - lplA, болотный - pdhB, салатовый - pdhA, зеленый - MgenG_010200000880, голубой - fruA, розовый - gapA.
Ген белка pdhC часто встречается перед pdhD. У грамм-отрицательных бактерий способных к анаэробному дыханию нет pdhC. Ген lplA из того же оперона встречается значительно реже, даже реже, чем pdhB и pdhA из соседнего оперона.3. Метаболические пути, KEGG
В БД KEGG был найден метаболический путь, в который входит белок pdhD. В этот же путь входят еще белки pdhC, pdhB и pdhA(Рис.3)
Рис. 3. Карта гликолиза/глюконеогенезиса. Обозначения(голубые прямоугольники): 1.8.1.4 - pdhD, 2.3.1.12 - pdhC, 1.2.4.1 - pdhB и pdhA.
Все эти белки pdhA-D входят в состав комплекса, который в митохондриях восстанавливает HAД+.В итоговой таблице 1 представлены результаты практикума.
Таблица 1. Геномное окружение белка pdhD. Черным цветом выделены белки, принадлежащие одному метаболическому пути. Жирным шрифтом выделены белки, найденные и DOOR, и STRING.
| Идентификатор | MG_271 |
| Название гена | pdhD |
| Организм | Mycoplasma genitalium G37 |
| Функция белка | В комплексе с другими ферментами в митохондриях преобразует дигидролипоевую кислоту и НАД+ в липоевую кислоту и НАДH |
| Система KEGG | ko00010 |
| Номер оперона | 1723 |
| Белки, кодируемые в том же опероне(SEED) | lplA, pdhC |
| Белки, найденные через геномное окружение(STRING) | pdhC, pdhB, pdhA, lplA, MgenG_010200000880, fruA, gapA |