Занятие 8. Gene Ontology

Меню

На главную

Четвертый семестр

1. Отнесение белка 3-дегидрокинатдегидратазы к терминам GO.

Cам белок из первого семестра не был найден в БД GO, поэтому для выполнения этого практикума была взятая самая лучшая находка поиска BLAST в БД GO по моему белку. P-value лучшей находки: 1.2e-24. Организм: Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901.
В записи находки был найден идентификатор UniProt, а во вкладке term associations таблица, в которой представлены термины GO. Данные из этой таблицы перенесены в таблицу 1 и дополнены переводом терминов GO.

Каждый термин сопровождается кодом типа достоверности, который расшифрован и объяснен в таблице 2.

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q3AAZ0(AROQ_CARHZ).

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
биологический процесс	GO:0009423	chorismate biosynthetic process	биосинтез хоризмовой кислоты	ISS
молекулярная функция	GO:0003855	3-dehydroquinate dehydratase activity	способность дегидратировать 3-дегидрохинат	ISS

Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ISS	Inferred from Sequence or structural Similarity	Этот код используется, когда аннотация была проведена вручную с помощью нескольких методов или по структурным сходствам с аннотациями, полученными ранее экспериментально.

Описание термина GO:0003855 3-dehydroquinate dehydratase activity|способность дегидратировать 3-дегидрохинат

В таблице 3 приведено описание термина GO:0003855.

Таблица 3. Основные свойства термина GO:0003855 3-dehydroquinate dehydratase activity|способность дегидратировать 3-дегидрохинат.

Свойство	Значение
Идентификатор (Accession)	GO:0003855
Название (Name)	молекулярная функция
Синонимы (Synonyms)	3-dehydroquinase activity, 3-dehydroquinate hydro-lyase, (3-dehydroshikimate-forming), 3-dehydroquinate hydro-lyase activity, 3-dehydroquinate hydrolase activity, 5-dehydroquinase activity, 5-dehydroquinate dehydratase activity, 5-dehydroquinate hydro-lyase activity, dehydroquinase activity, dehydroquinate dehydratase activity, DHQase
Определение (Definition)	Катализ реакции: 3-дегидрохинат = 3-дегидрошикимат + вода.
Комментарий (Comment)	-
Число родителей (из них - логически определенных)	5(4)
Число потомков (из них - логически определенных)	0(0)

Так же в описании есть графическое представление предков и потомков термина. Оно изображено на рисунке 1.

Рис. 1. Отношения термина GO:0003855 с его предками. Обозначения: черная стрелка - связь "is a".

Из графического представления видно, что гомолог моего белка является лиазой. Цветные прямоугольники внизу блоков с терминами указывают, в каких организмах встречается белок.