На главную
Четвертый семестр
Рис. 1. Однодоменная архитектура(PF01853).
Рис. 2. Двудоменная архитектура(PF01853 и PF11717).
|
Меню
На главную Четвертый семестр |
Был выбран белок из семейства MOZ/SAS ацетилтрансфераз гистонов(PF01853). В этом семействе 2031 последовательность у 587 видов.
Домен представлен в 57 архитектурах. Из них были выбраны две: однодоменная(Рис.1) и двудоменная(Рис.2).
Рис. 1. Однодоменная архитектура(PF01853). Рис. 2. Двудоменная архитектура(PF01853 и PF11717). |
|
В двудоменную архитектуру входит домен PF11717, который обладает РНК-связывающей активностью и является хромодоменом.
Белки, содержащие хромодомен, обычно занимаются ремоделированием хроматина.
Из Fungi и Metazoa было выбрано по 10 последовательностей с каждоый архитектурой с помощью Excel. На листе All приведены все последовательности из двух выбранных архитектур, а на листе Сhosen только отобранные 40. Эти последоваталности были вынуты из общего выравнивания скриптом filter_alignment.py Посдовательности были помечены цифрой, равной количеству доменов в архитектуре, и буквой M - Metazoa, F - Fungi. Последовательность 1_M_M7BEZ5_CHEMY была плохо выровнена, поэтому ее пришлось удалить. Проект JalView. Построение филогенетического дереваВ программе MEGA методом NJ построено дерево, и в сервисе ITOL раскрашено по архитектурам и таксонам. Рис.3. Филогенетическое дерево. Скобочная формула дерева в файле nwk.Построение профиля подсемействаДля построения профиля была выбрана нижняя клада на дереве, в которую входят 9 последовательностей двудоменной архитектуры из таксона Fungi. С помощью HMM был построен профиль, и по нему во всех белках, содержащих домен PF01853, были найдены последовательности из семейства. Расчеты предстаавлены в файле res. По результатам поиска построена ROC-кривая, по которой определен пороговый E-value = 1E-105. (Рис. 3) ROC-кривая. По вертикальной оси чувствительность, по горизонтальной специфичность. Данные занесены в таблицу 1.Таблица 1. Проверка HMM профиля семейства.
|
© Корзина Анастасия, 2016