Построение и визуализация ЭП

Меню

На главную

Седьмой семестр

Методом тыка был выбран белок ферредоксин из организма Thermosynechococcus elongatus BP-1. Он подходит по всем критериям: есть карта электронной плотности, структурные гомологи и статьи).
PDB ID: 5aui
Разрешение: 1.5Å

На рисунке 1 (а, б, в) представлена электронная плотность остова ферредоксина.

Рис.1. Электронная плотность ферредоксина с разными уровнями электронной подрезки: а)1σ; б)2σ; в)3σ.

На рисунках 2, 3, 4 представлена электронная плотность серина, пролина и лизина в ферредоксине.

Рис.3. Электронная плотность цистеина 45 в ферредоксине с разными уровнями электронной подрезки: а)3σ; б)3.5σ; в)4σ.

Электронная плотность видна на атоме серы в цистеине даже при уровне подрезки 4σ, потому что она входит в железосерный кластер 2Fe-2S. На рисунке 3в железо показано коричневым цветом. (ЭП железосерного кластера не показана).
При той же подрезке 4σ в остове цистеина электронная плотность остается у более электроотрицательных атомов - кислорода и азота, и не видна у углерода.

Рис.4. Электронная плотность пролина 20 ферредоксине с разными уровнями электронной подрезки: а)3σ; б)3.5σ; в)4σ.

Пролин соединен с остовом циклом, поэтому электронную плотность его боковой цепи видно и при уровне подрезки 3σ. При повышении уровня подрезки до 4σ электронная плотность, как и в цистеине, остается на более электроотрицательных атомах.

Рис.2. Электронная плотность лизина 51 в ферредоксине с разными уровнями электронной подрезки: а)1σ; б)2σ; в)4σ.

У лизина с увеличением уровня подрезки электронная плотность уходит с концевого атома азота и атомов углерода боковой цепи. Сам остов видно и при уровне подрезки 4σ, при этом видно даже электронную плотность около углерода, потому что к нему присоединена длинная боковая цепочка, которая делает его более электроотрицательным.