Восстановление кристалла из PDB файла

Меню

На главную

Седьмой семестр

PDB ID: 5aui
CRYST1 56.441 53.314 32.278 90.00 92.38 90.00 C 1 2 1 4
Длины направляющих векторов кристалла: a = 56.441, b = 53.314, c = 32.278
Углы между направляющими векторами кристалла: α = 90.00, β = 92.38, γ = 90.00
Кристаллографическая группа: C 1 2 1 (сокращенно С2; моноклинная базоцентрированная сингония)
Число молекул в ячейке: 4

На рисунке 1 (а, б, в) представлен восстановленный фрагмент кристалла ферредоксина.

Рис.1. Восстановленный фрагмент кристалла ферредоксина, представленный в виде а)картонок, б)картонок с другого ракурса, в)поверхностей. Зеленым цветом показана элементарная кристаллографическая ячейка.

На рисунке 2 представлены контакты между ассиметрическими единицами.

Рис.2. Различные контакты между субъединицами ферредоксина в кристалле.		При таком виде кристалла возможно 6 контактов, но среди них имеются повторяющиеся. Контакт, который осуществляется через лиганд BAM, повторяется и имеет симметрию сдвига. Контакт, расположенный в вертикальной плоскости, также повторяется, но при этом с симметрией сдвиг + поворот. Остается 4 различных контакта между ассиметрическими единицами.
Рис.3. Контакт между белковыми субъединицами вблизи 2Fe-2S кластера.		На структуре кристалла в виде картонок контакт, который находится рядом с 2Fe-2S кластером, выглядит самым явным. Белковые субъединицы повернуты друг к другу центрами связывания сульфида железа. На изображении с поверхностями субъединиц видно, что этот контакт самый плотный. Он образован 12 водородными связями.
		При таком виде кристалла возможно 6 контактов, но среди них имеются повторяющиеся. Контакт, который осуществляется через лиганд, повторяется и имеет симметрию сдвига. Контакт, расположенный в вертикальной плоскости, также повторяется, но при этом с симметрией сдвиг + поворот. Остается 4 различных контакта между ассиметрическими единицами.
		При таком виде кристалла возможно 6 контактов, но среди них имеются повторяющиеся. Контакт, который осуществляется через лиганд, повторяется и имеет симметрию сдвига. Контакт, расположенный в вертикальной плоскости, также повторяется, но при этом с симметрией сдвиг + поворот. Остается 4 различных контакта между ассиметрическими единицами.
		При таком виде кристалла возможно 6 контактов, но среди них имеются повторяющиеся. Контакт, который осуществляется через лиганд, повторяется и имеет симметрию сдвига. Контакт, расположенный в вертикальной плоскости, также повторяется, но при этом с симметрией сдвиг + поворот. Остается 4 различных контакта между ассиметрическими единицами.