Выделение доменов

Меню

На главную

Седьмой семестр

В одном из предыдущих практикумов был выбран белок ферредоксин.
PDB ID: 5aui С помощью сервиса CluD были найдены гидрофобные ядра (Рис.1). Опредленно виден один большой домен, что и соответствует информации из базы данных доменов белков Pfam. Мелкие домены не должны были выделяться. Далее параметры CluD были изменены: расстояние 5.4 -> 4, количество атомов в кластере 3 -> 10. Домен не выделился, тогда расстояние было уменьшено 5.4 -> 4. Это тоже не приводит к образованию одного домена, но явно лучше описывает структуру ферредоксина, потому что отдельный домен в области сульфида железа вполне вероятен, так как он не гидрофобный.

Рис.1. Результат запуска CluD с параметрами по умолчанию.

Рис.2. Результат запуска CluD с измененными параметрами.

Рис.2. Результат подстроенного CluD.

С помощью CluD с измененными параметрами (расстояние: 4, количество атомов: 10) были найдены гидрофобные ядра в стрктуре димера (PDB ID: 1R1V). Гидрофобные участки (Синие шарики рис.3) сгруппированы в основном в центре олигомеров. При этом между олигомерами нет гидрофобного участка, потому что между ними цинк (серый шарик).