Определение вторичной структуры

Меню

На главную

Седьмой семестр

PDB ID: 5aui файл
Для определения вторичной структуры ферредоксина использовался сервис Stride. На рисунке 1 представлена полученная разметка структуры. В файле приведена текстовая выдача Stride.

Рис.1. Разметка структуры ферредоксина, полученная с помощью Stide.

На рисунке 2 представлена вторичная структура из pdb-файла, полученая в результате РСА.

Рис.2. Структура ферредоксина.

Были выбраны 2 альфа-спирали и 2 бета-тяжа, для которых в таблице 1 приведены границы.

Таблица 1. Сравнение границ вторичных структур, полученных из выдачи Stride и из PDB.

Элемент вторичной структуры	Границы из Stride	Границы из РСА
α-спираль	25 ILE - 32 GLN	24 TYR - 32 GLN
α-спираль	93 GLU - 96 LEU	92 GLN - 97 TYR
β-тяж	2 THR - 8 VAL	2 THR - 8 VAL
β-тяж	49 ALA - 58 ASP	49 ALA - 54 GLU и 57 VAL - 58 ASP

Как видно из таблицы, Stride ошибается на границах вторичных структур, что например, приводит к объединению двух бета-листов в один.