Построение и анализ поверхностей в PyMOL

Меню

На главную

Седьмой семестр

В одном из предыдущих практикумов был выбран белок Zn-зависимый репрессор транскрипции CzrA из организма Staphylococcus aureus.
PDB ID: 2kjc На рисунке 1 представлено изображение поверхности димера этого белка из первой модели ЯМР.

Рис.1. Поверхность димера CzrA.

На рисунке 2 представлены площади поверхности (SAS) и площади контакта с растворителем (MS) для каждой модели.

Рис.2. Графики зависимости площади поверхности и площади контакта с растворителем.

Площадь поверхности изменяется в узком интервале значений - ΔSAS = 400Å², тогда как площадь контакта с растворителем изменяется более значимо - ΔMS = 1300Å². Это может быть связано с площадью взаимодействия димеров. При ее увеличении уменьшается площадь контакта с растворителем. При изображении поверхности димера, как целостной структуры, поверхность контакта между цепями представляет собой плавный переход цветов (Рис.3а). После разделения цепей, контакт между ними выглядит, как соприкосновение двух поверхностей, что выражается в границе между цветами и их несмешивании (Рис. 3б).

Рис.3. Поверхность контакта внутри димера CrzA a)как единого объекта в PyMOL, б)как двух раздельных цепей.