Описание белка сукцинилглутамата десукцинилазы\аспартоацилазы (succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase) из генома бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400
Информация о белке и его гене, полученная из записи NC_008345.1 базы данных RefSeq с полным геномом бактерии, приведена в таблице 1. На рис.1 изображена окрестность в геноме гена описываемого белка.
| Вид информации | Квалификатор в записи генома | Значение |
| Локус гена в геноме | /locus_tag | Sfri_0536 |
| Имя гена | /gene | отсутствует |
| Идентификатор гена в базе данных NCBI Gene | db_xref=”GeneID:…” | 4276956 |
| Начало гена в геноме | - | 614754 |
| Конец гена в геноме | - | 615872 |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) | - | прямая |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) | - | 1119 |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein | /protein_id | YP_749235.1 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) | - | 373 |
Рис. 1. Геномная окрестность гена белка succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase из генома бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400. Ген отмечен черной рамочкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov )
Из рисунка следует, что ген Sfri_0535 сонаправлены с данным, а Sfri_0537 разнонаправлен. Расстояния между геном и соседом с 5’-конца – 370 пар нуклеотидов, с 3’-конца – 72 пары нуклеотидов. Я считаю, что эти гены не могут входить в один оперон, т.к. Sfri_0537 разнонаправлен с данным, а ген Sfri_0536 хоть и сонаправлен с данным, но расстаяние между генами слишком большое для генов, входящих в один оперон.