|
Кнопка, запускающая выполнение скрипта |
1) После нажатия кнопки Start: изображение в виде картонок (cartoons) с раскраской по цепочкам. После каждого нажатия кнопки Resume переходим к следующему пункту: 1) Изображение в виде картонок (cartoons) с раскраской по вторичной структуре. 2) Лиганда у данной гидролазы нет, поэтому отсутствует: то же самое + изображение шаро-стержневой модели лиганда с раскраской по химическим элементам. 3) Изображение белка в виде ван-дер-ваальсовых радиусов (spacefill) с раскраской по химическим элементам. 4) Изображение остова одной альфа-спирали с обозначением водородных связей. 5) Изображение двух бета-тяжей с обозначением водородных связей между ними. |
|
|
Кнопка, продолжающая выполнение скрипта Текст скрипта |
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
| # | Имена атомов | Длина связи (A) | Угол N-O-C (°) |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(89:A-HIS)- O(85:A-ASP) | 2.89 | 154.3 |
| 2 | N(82:A-LYS)- O(78:A-ASP) | 2.89 | 152.7 |
| 3 | N(84:A-ASN)- O(80:A-LEU) | 2.92 | 147.8 |
| Бета-тяжи | |||
| 1 | N(108:B-TYR)- O(119:B-LEU) | 2.8 | 154.6 |
| 2 | N(112:B-ASN)- O(115:B-LYS) | 2.86 | 155.7 |
| 3 | N(117:B-ASN)- O(110:B-PHE) | 2.9 | 151.8 |
Вывод: среднее значение длины связи между остовными атомами во вторичной структуре примерно равно 2.89-2.9 A.
Среднее значение угла равно примерно 152.8°. Заметим, что значения, найденные для бета-тяжей и для альфа-спиралей, практически совпадают.
© Kalashnikova Anastasia, 2015