Построение парных выравниваний. Поиск по сходству

Задание 1.

В данном задании я искала гомологов для своего белка с идентификатором YP_005889234.1 с помощью программы BLASTP на сайте NCBI.

Поиск я не ограничивала, так как получила 44 результата. Ссылка на параметры поиска.

Число находок: 44

Также, нашлось довольно много белков, гомологичных моему по всей длине (query cover 80%) - 33 штуки.

Находка Длина выравнивания Bit score % идентичных остатков % сходных остатков E-value Выравнивание
WP_008982554.1 (лучшая) 352 291 bits(744) 154/353(44%) 219/353(62%) 1e-94 Ссылка
WP_006586077.1 (худшая) 936 37.4 bits(85) 35/111(32%) 53/111(47%) 3.1 Ссылка
WP_054709590.1 (из середины списка) 335 37.4 bits(85) 33/113(29%) 47/113(41%) 2.3 Ссылка

Из полученных находок можно назвать гомологами целой исходной последовательности (E-value < 1e-3 и не менее 70% Query cover) 33 последовательности.

Задание 2.

Множественное выравнивание было получено из 22 последовательностей из середины списка.

Данное выравнивание содержит довольно много абсолютно функционально консервативных колонок и абсолютно консервативных колонок.

Рис.1 Множественное выравнивание (чтобы увеличить изображение, необходимо щелкнуть по картинке и нажать "+").

Невыровненные участки, которые различны у разных находок, присутствуют на C-конце.

Ссылки на выравнивание, полученное во втором задании:

Fasta и MSF.

Задание 3.

В данном задании нужно было построить глобальные и локальные парные выравнивания моего белка и худшей находки из выборки.

1) Глобальное выравнивание, выданное консольной программой needle на kodomo: ссылка.

2) Глобальное выравнивание, полученное из множественного удалением остальных последовательностей и гэпов в местах, где они присутствуют у обеих последовательностей: ссылка.

3) Локальное выравнивание, выданное консольной программой water на kodomo: ссылка.

4) Локальное выравнивание, выданное программой BLAST: ссылка.

Задание 4.

Последовательности, с которыми я здесь работала, довольно неплохо совпадают на первой половине выравнивания.

Отрезок, найденный программой Blast, немного больше, чем отрезок, полученный с помощью water. Причем, отрезки довольно неплохо совпадают.

Выравнивание, полученное из множественного, наименее схожее с остальными, о чем свидетельствует ниже приведенный рисунок.

Рис.3 Выравнивания (из множественного-needle-water-Blast)

Рис.4 Пример участка, на котором выравнивания отличаются

Выравнивания не сильно различаются на выбранном мной участке, как можно увидеть на рисунке.

Задание 5.

В данном задании нужно построить парные выравнивания последовательностей двух заведомо негомологичных белков.

Для этого я использовала программы needle и water на kodomo.

Как можно заметить, выравнивания практически не совпадают.

Рис.5 Выравнивания (needle-water двух негомологичных белков)

Ссылка на проект JalView с 3 окнами (множественное выравнивание, парные выравнивания моего белка с гомологом, парные выравнивания моего белка с белком, заведомо негомологичным ему).


© Kalashnikova Anastasia, 2016