В данном задании я искала гомологов для своего белка с идентификатором YP_005889234.1 с помощью программы BLASTP на сайте NCBI.
Поиск я не ограничивала, так как получила 44 результата. Ссылка на параметры поиска.
Число находок: 44
Также, нашлось довольно много белков, гомологичных моему по всей длине (query cover 80%) - 33 штуки.
| Находка | Длина выравнивания | Bit score | % идентичных остатков | % сходных остатков | E-value | Выравнивание |
| WP_008982554.1 (лучшая) | 352 | 291 bits(744) | 154/353(44%) | 219/353(62%) | 1e-94 | Ссылка |
| WP_006586077.1 (худшая) | 936 | 37.4 bits(85) | 35/111(32%) | 53/111(47%) | 3.1 | Ссылка |
| WP_054709590.1 (из середины списка) | 335 | 37.4 bits(85) | 33/113(29%) | 47/113(41%) | 2.3 | Ссылка |
Из полученных находок можно назвать гомологами целой исходной последовательности (E-value < 1e-3 и не менее 70% Query cover) 33 последовательности.
Множественное выравнивание было получено из 22 последовательностей из середины списка.
Данное выравнивание содержит довольно много абсолютно функционально консервативных колонок и абсолютно консервативных колонок.
Рис.1 Множественное выравнивание (чтобы увеличить изображение, необходимо щелкнуть по картинке и нажать "+").
| |
Невыровненные участки, которые различны у разных находок, присутствуют на C-конце.
Ссылки на выравнивание, полученное во втором задании:
В данном задании нужно было построить глобальные и локальные парные выравнивания моего белка и худшей находки из выборки.
1) Глобальное выравнивание, выданное консольной программой needle на kodomo: ссылка.
2) Глобальное выравнивание, полученное из множественного удалением остальных последовательностей и гэпов в местах, где они присутствуют у обеих последовательностей: ссылка.
3) Локальное выравнивание, выданное консольной программой water на kodomo: ссылка.
4) Локальное выравнивание, выданное программой BLAST: ссылка.
Последовательности, с которыми я здесь работала, довольно неплохо совпадают на первой половине выравнивания.
Отрезок, найденный программой Blast, немного больше, чем отрезок, полученный с помощью water. Причем, отрезки довольно неплохо совпадают.
Выравнивание, полученное из множественного, наименее схожее с остальными, о чем свидетельствует ниже приведенный рисунок.
Рис.3 Выравнивания (из множественного-needle-water-Blast)
 |
Рис.4 Пример участка, на котором выравнивания отличаются
 |
Выравнивания не сильно различаются на выбранном мной участке, как можно увидеть на рисунке. |
В данном задании нужно построить парные выравнивания последовательностей двух заведомо негомологичных белков.
Для этого я использовала программы needle и water на kodomo.
Как можно заметить, выравнивания практически не совпадают.
Рис.5 Выравнивания (needle-water двух негомологичных белков)
 |
Ссылка на проект JalView с 3 окнами (множественное выравнивание, парные выравнивания моего белка с гомологом, парные выравнивания моего белка с белком, заведомо негомологичным ему).
© Kalashnikova Anastasia, 2016