Внутренности белков и макромолекулярных комплексов

	Кнопка, запускающая выполнение скрипта 1 Текст скрипта 1	Комментарии к первому скрипту: У данного белка 20 гидрофобных ядер. Но лишь 2 из них центральные, остальные довольно мелкие. Core1 состоит из 813 атомов, что составляет 14.46% от числа всех атомов. Core2 состоит из 565 атомов, что составляет 10.05% от числа всех атомов. Комментарии ко второму скрипту: a. Min расстояние, на котором расположены атомы, покрывающие (почти полностью) поверхность остатка: 4A. b. Между соседними не связанными ковалентно атомами в белке наиболее характерное расстояние: примерно 4А. Так как число атомов резко возрастает при переходе к расстоянию в 4А. c. Скорее всего, не поместится, т.к. 4-1.4 = 2.6А остается на 2 вандерваальсовых радиуса концевых молекул, что не подходит под значения радиусов. Таким образом, между соседними атомами не поместится молекула воды.
	Кнопка, запускающая выполнение скрипта 2 Текст скрипта 2
	Кнопка, запускающая выполнение скрипта 3 Текст скрипта 3
	Кнопка, продолжающая выполнение скрипта

Комментарии к третьему скрипту:

"Контатирующими" я считала участки, которые находятся на расстоянии не более 7А.

a. Я использовала цепь A белка для данного задания. 5e5o является гидролазой/ДНК.

Как мы можем видеть на скрипте, выбранная цепь белка взаимодействует с ДНК по средствам водородных связей.

b. Взаимодействие ДНК-белок проявляется во время транскрипции (копирование последовательности оснований ДНК на РНК) и репликации (синтез новой цепи).

Список изображений, показываемых каждым скриптом:

Script 1:

1. Изображение гидрофобного ядра одного белка на фоне остовной модели.

2. Изображение, позволяющее увидеть выходы гидрофобного ядра на поверхность белковой глобулы.

Script 2:

1. Изображение моего остатка в виде ван-дер-ваальсовых радиусов зеленого цвета.

2. Предыдущее изображение + 'cpk 20' для соседних остатков (у которых хотя бы один атом находится на расстоянии не более 7 ангстрем от MyResidue).

3. Предыдущее изображение + ван-дер-ваальсовы радиусы для атомов, находящихся на расстоянии не более 1 ангстрем от MyResidue.

4. Предыдущее изображение + ван-дер-ваальсовы радиусы для атомов, находящихся на расстоянии не более 2 ангстрем от MyResidue.

5. Предыдущее изображение + ван-дер-ваальсовы радиусы для атомов, находящихся на расстоянии не более 3 ангстрем от MyResidue.

6. Предыдущее изображение + ван-дер-ваальсовы радиусы для атомов, находящихся на расстоянии не более 4 ангстрем от MyResidue.

7. Предыдущее изображение + ван-дер-ваальсовы радиусы для атомов, находящихся на расстоянии не более 5 ангстрем от MyResidue.

8. Предыдущее изображение + ван-дер-ваальсовы радиусы для атомов, находящихся на расстоянии не более 6 ангстрем от MyResidue.

9. Предыдущее изображение + ван-дер-ваальсовы радиусы для атомов, находящихся на расстоянии не более 7 ангстрем от MyResidue.

Script 3:

1. ДНК и белок в виде картонной модели с раскраской по вторичной структуре.

2. ДНК в виде шариковой модели (spacefill) с раскраской по элементам; белок в виде остовной модели (например, 'backbone 90') с раскраской по вторичной структуре; боковые цепи белка, взимодействующие с ДНК, в виде wireframe с раскраской по элементам.