|
Ссылки на исходные файлы в .ab1 формате: WSLOX1_COI_F_B01_WSBS-Seq-1-08-15.ab1 и WSLOX1_COI_R_B02_WSBS-Seq-1-08-15.ab1. В данном задании необходимо проанализировать хроматограммы прямой и обратной выданных цепей и составить отчет, в котором следует указать на проблемы, возникающие при чтении хроматограммы. Для просмотра хроматограмм использовалась программа Chromos Lite. С помощью Continuous edit удаляем не читаемые 5'- и 3'- концы. |
Таблица 1. Характеристика хроматограмм (в целом)
| Параметр | Прямая цепь | Обратная цепь |
| Оценка (на глаз) отношения сигнала и шума в среднем | В среднем, оценка колеблется между отношением 1:6 и 1:8 (шум:сигнал). | В среднем, оценка колеблется между отношением 1:8 и 1:20. |
| Неравномерность силы сигнала и шума вдоль последовательности | Довольно не равномерно: есть участки, где мы точно можем различить сигнал/шум, а сеть участки, где сигнал/шум практически одной высоты. | В большинстве случаев, сила сигнала превышает силу шума. Распределение примерно равномерное. |
| Длина начального нечитаемого участка | 55 | 181 |
| Длина конечного нечитаемого участка | 81 | 56 |
| Особенности | Границы не читаемых 5'- и 3'-участков: с начала до 55 (5'), с 636 до конца (716) (3'). | Границы не читаемых 5'- и 3'-участков (координаты по прямой последовательности): c начала по 150 (5'), с 632 до конца (687) (3'). |
Рис.1 - Выравнивание 2 хроматограмм (прямая цепь - верхнее окно; цепь, комплементарная обратной - нижнее)
| |
|
2 последовательности в формате fasta были выровнены в JalView: ссылка на проект JalView.
Проблемные нуклеотиды и полиморфизмы были выделены строчными буквами. 1-ая последовательность - прямая, 2-ая - обратная.
Последовательности в fasta формате с выделенными строчными буквами проблемными нуклеотидами и полиморфизмами (ссылки для просмотра): прямая цепь; цепь, комплементарная обратной.
|
Таблица 2. "Решение" для 4 проблемных нуклеотидов (верхний ряд - прямая цепь)
 |
 |
 |
 |
 |
 |
|
Проблемный нуклеотид - 120. Сигнал почти совпадает по вышине с шумом. Решение было принято с помощью обратной цепи. |
Проблемные нуклеотиды: 284 ( 2 сравнимых сигнала) и 288 (сигнал приближен по высоте к шуму). С помощью обратной последовательности было решение согласиться с программой в 1 случае, и поставить "t" во втором. |
Проблемный нуклеотид - 174. Сигнал почти совпадает по вышине с шумом. Решение было принято с помощью обратной цепи. |
|
Из директории bad на диске P была взята "плохая" хроматограмма для приведения примера не читаемого фрагмента. Фрагмент был взят из файла: NN_G10.ab1. Ссылка на файл формата ab1. Как мы можем заметить, сила сигнала и шум по высоте практически сопоставимы; пики в центре картинки имеют по несколько вершин, они довольно широкие и "налезают" друг на друга. Расстояние между остальными пиками (точнее, их вершинами) не постоянно, некоторые пики накладываются друг на друга таким образом, что практически совпадают. |
Рис.2 - Пример не читаемого фрагмента
 |
© Kalashnikova Anastasia, 2016